将 3D 数组写入 HDF5

Question

我正在尝试将 3D 数据集写入 HDF5 文件。写入成功，文件中的尺寸都是正确的，但是，使用HDFView工具时，数据是杂乱无章的，但有一个可识别的结构，所以我必须关闭。我无法弄清楚我缺少什么，也找不到编写 3D 数据的好例子。

数据是连续的内存块，索引如下：data[layer][row][col] 或 data[layer*rows*cols + row*cols + col]

以下是我正在使用的代码，其中 HDF5_CHECK 是一个在出错时抛出异常的宏。

const hsize_t dim[] = { rows, cols, layers };
hid_t space = H5Screate_simple(3, dim, NULL);

hid_t dataset = H5Dcreate(file, "dataset", type, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
HDF5_CHECK(dataset);
HDF5_CHECK(H5Dwrite(dataset, type, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, data));

HDF5_CHECK(H5Sclose(space));
HDF5_CHECK(H5Dclose(dataset));

编辑

我认为这个问题与索引有关。 C++ 中的数组是正确的。但是，我相信我想将 Z、Y、X 数据作为 Y、X、Z 存储在 HDF5 容器中。这必须可以使用 hyperslabs，但我不确定如何

编辑 2

由于数据有结构，我可以在 HDFView 中将数据作为图像查看。以下应该有助于说明问题：

编辑 3

联系了 HDF 小组，发现在当前实施中无法进行维度转换。必须在写入数据集之前完成。

Answer 1

由于指定了不正确的内存数据空间，因此数据集中的元素未按预期顺序排列。

第 4 节中的user guide 显示了 HDF5 如何在两个总体大小相同但尺寸从文件交换到内存的数据空间之间进行读取。在实践中，H5Dwrite 函数是这样声明的：

herr_t H5Dwrite(hid_t dataset_id, hid_t mem_type_id, hid_t mem_space_id, hid_t file_space_id, hid_t xfer_plist_id, const void * buf )

第三个参数指的是内存数据空间，在我们的例子中它与文件的不同（之前定义为(row, col, layer)）。 它应该被定义为(layer, row, col)。指南中的同一页阐明了 HDF5 遵循与 C 中相同的数组存储约定：

数据空间维度从 1 到等级编号。 HDF5 使用 C 存储约定，假设最后列出的维度是变化最快的维度，而最先列出的维度是变化最慢的。 HDF5 文件格式存储布局规范遵循 C 约定，HDF5 库在文件中存储数据空间维度时遵循相同约定。

更正后的代码应该是这样的：

const hsize_t dim[] = { rows, cols, layers };
hid_t space = H5Screate_simple(3, dim, NULL);

hid_t dataset = H5Dcreate(file, "dataset", type, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

HDF5_CHECK(dataset);

const hsize_t mem_dim[] = { layers, rows, cols };
hid_t mem_space = H5Screate_simple(3, dim, NULL);
HDF5_CHECK(H5Dwrite(dataset, type, mem_space, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, data));