使用python更改netcdf文件中的维度名称

Question

您好，我想编辑 NetCDF 文件中的一些信息，举个例子，假设您有一个带有下一个信息的文件的 ncdump：

NetCDF dimension information:
 Name: lon
    size: 144
    type: dtype('float64')
 Name: lat
    size: 73
    type: dtype('float64')
 Name: time
    size: 29220
    type: dtype('float64')
NetCDF variable information:
 Name: rlut
    dimensions: (u'time', u'lat', u'lon')
    type: dtype('float32')

我想将 'lon' 更改为 'longitude'。我试过了：

from netCDF4 import Dataset
path="Here goes the file path"
f=Dataset(path,'r+')
f.renameDimension(u'lon',u'longitude')
f.close()

但在此之后，当我尝试再次读取文件以执行不同的操作时，文件不再工作。

任何帮助我都会感谢你。

Answer 1

尽管这是一篇相当老的帖子，但添加它可能仍然很有价值：

Ajaramillo 指定的方法在我的情况下不起作用，因为它缺少重命名变量名称，而不仅仅是维度名称。这对我有用：

from netCDF4 import Dataset
path="Here goes the file path"
f=Dataset(path,'r+')
f.renameDimension(u'lon',u'longitude')
f.renameVariable(u'lon',u'longitude')
f.renameDimension(u'lat',u'latitude')
f.renameVariable(u'lat',u'latitude')
f.close()

Answer 2

感谢 N1B4 对使用 NCO 的建议，它是处理和编辑 NetCDF 文件的一个很好的选择。

我想在这里为任何有兴趣使用 python 和 netcdf4 库修改 NetCDF 文件的人发布我的解决方案草图。这个想法是创建一个新的 NetCDF 文件，从现有文件中导入信息。

#First import the netcdf4 library
from netCDF4 import Dataset  # http://code.google.com/p/netcdf4-python/

# Read en existing NetCDF file and create a new one
# f is going to be the existing NetCDF file from where we want to import data
# and g is going to be the new file.

f=Dataset('pathtoexistingfile','r') # r is for read only
g=Dataset('name of the new file','w') # w if for creating a file
                                      # if the file already exists it  
                                      # file will be deleted 


# To copy the global attributes of the netCDF file  

for attname in f.ncattrs():
    setattr(g,attname,getattr(f,attname))

# To copy the dimension of the netCDF file

for dimname,dim in f.dimensions.iteritems():
       # if you want to make changes in the dimensions of the new file
       # you should add your own conditions here before the creation of the dimension.
        g.createDimension(dimname,len(dim))


# To copy the variables of the netCDF file

for varname,ncvar in f.variables.iteritems():
       # if you want to make changes in the variables of the new file
       # you should add your own conditions here before the creation of the variable.
       var = g.createVariable(varname,ncvar.dtype,ncvar.dimensions)
       #Proceed to copy the variable attributes
       for attname in ncvar.ncattrs():  
          setattr(var,attname,getattr(ncvar,attname))
       #Finally copy the variable data to the new created variable
       var[:] = ncvar[:]


f.close()
g.close()

我希望这对你有用。

Answer 3

我认为您还需要修改对重命名维度的所有引用。例如。您的变量 rlut，其维度为“lon”，已重命名为“longitude”。不确定这是否可以通过就地编辑来完成。您可能需要使用以下命令创建文件的新副本：

createVariable('rlut', 'f4', ('time', 'lat', 'longitude')

Answer 4

如果你不需要使用Python，我推荐NCO的ncrename函数：http://nco.sourceforge.net/nco.html#ncrename-netCDF-Renamer

ncrename -d lon,longitude sample_file.nc