如何在 python 中检索由 julia 存储在 .jld 文件中的稀疏矩阵？

Question

使用 julia，我可以将稀疏矩阵保存在 .jld 文件（使用 HDF5 格式）中，如下所示：

a=spzeros(3,3);
a[1,1]=2.0
a[2,1]=1.0
a[3,1]=5
@save("sparsematrix.jld",a)

现在我想在 python 中检索这个矩阵（使用 h5py），所以我尝试了以下方法：

import h5py 
filename="sparsematrix.jld"
f = h5py.File(filename, 'r')
data= f["a"][()]
f.close()

打印data 将返回(3, 3, <HDF5 object reference>, <HDF5 object reference>, <HDF5 object reference>)，所以我尝试使用f[data[2]] 访问对象引用，它返回<HDF5 dataset "00000001": shape (4,), type "<i8">，但现在我被卡住了。

那么如何从 .jld 文件中取出稀疏矩阵呢？

Answer 1

好的，我自己找到了它，在了解了 CSC 格式之后：

import h5py 
from scipy.sparse import csc_matrix

filename="sparsematrix.jld"
f = h5py.File(filename, 'r')
data= f["a"][()]

column_ptr=f[data[2]][:]-1 ## correct indexing from julia (starts at 1)
indices=f[data[3]][:]-1 ## correct indexing
values =f[data[4]][:]
csc_matrix((values,indices,column_ptr), shape=(data[0],data[1])).toarray()

f.close()