熊猫 HDF 选择不识别列名

Question

我正在尝试在只有 4gb 内存的机器上处理一个大 (2gb) csv 文件（不要问），以生成一个不同的、格式化的 csv，其中包含需要一些处理的数据子集。我正在读取文件并创建一个 HDFstore，稍后我会查询输出所需的数据。一切正常，除了我无法使用 Term 从商店中检索数据 - 错误消息返回 PLOT 不是列名。个别变量看起来很好，商店是我所期望的，我只是看不到错误在哪里。 （nb pandas v14 和 numpy1.9.0）。对此非常新，因此为笨拙的代码道歉。

#wibble wobble -*- coding: utf-8 -*-
# short version
def filesport():
    import pandas as pd
    import numpy as np
    from pandas.io.pytables import Term

    Location = r"CL_short.csv"
    store = pd.HDFStore('blarg.h5')

    maxlines = sum(1 for line in open (Location))
    print maxlines
 #set chunk small for test file   
    chunky=4
    plotty =pd.DataFrame(columns=['PLOT'])
    dfdum=pd.DataFrame(columns=['PLOT', 'mDate', 'D100'])

#read file in chunks to avoid RAM blowing up    
    bucket = pd.read_csv(Location, iterator=True, chunksize=chunky, usecols=   ['PLOT','mDate','D100'])

    for chunk in bucket:
        store.append('wibble', chunk, format='table', data_columns=['PLOT','mDate','D100'], ignore_index=True)

#retrieve plot numbers and select unique items
    plotty = store.select('wibble', "columns = ['PLOT']")
    plotty.drop_duplicates(inplace=True)

#iterate through unique plots to retrieve data and put in dataframe for output
    for index, row in plotty.iterrows():
        dfdum = store.select('wibble', [Term('PLOT', '=', plotty.iloc[index]['PLOT'])])
#process dfdum for output to new csv

    print("successful completion")
filesport()

Answer 1

最终列表为那些希望通过风滚草战斗到达这里并且同样对处理大型 .csv 文件和尝试检索/处理数据的各种方法感到困惑的人。最大的问题是正确使用 pytables 术语的语法。尽管有几个例子表明可以使用“A > 20”等，但这对我来说从来没有用过。我设置了一个包含 Term 查询的字符串条件，这很有效（它在文档 TBF 中）。
还发现更容易查询 HDF 以直接从列表中的商店检索唯一项目，然后可以对列表进行排序和迭代以逐个地检索数据。请注意，我希望最终的 csv 文件具有绘图，然后是所有 D100 数据按日期顺序排列，因此最后是枢轴。
分块读取 csv 文件意味着从商店检索到的每个图都有一个标题，并且这被写入了最终的 csv，这把事情搞砸了。我确信有一种比我在这里展示的更优雅的方式只写一个标题。
它工作，大约需要 2 小时来处理数据并生成最终的 csv 文件（初始文件 2GB，30+百万行，100,000+ 独特图的数据，机器有 4GB 的 RAM，但运行 32 位，这意味着只有 2.5GB RAM 可用）。
祝你好运，如果你有类似的问题，我希望你觉得这很有用

#wibble wobble -*- coding: utf-8 -*-

def filesport():
    import pandas as pd
    import numpy as np
    from pandas.io.pytables import Term

    print (pd.__version__)
    print (np.__version__)

    Location = r"conliq_med.csv"
    store = pd.HDFStore('blarg.h5')

    maxlines = sum(1 for line in open (Location))
    print maxlines
    chunky=100000

#read file in chunks to avoid RAM blowing up select only needed columns
    bucket = pd.read_csv(Location, iterator=True, chunksize=chunky, usecols= ['PLOT','mDate','D100'])

    for chunk in bucket:
        store.append('wibble', chunk, format='table', data_columns=['PLOT','mDate','D100'], ignore_index=True)

#retrieve unique plots and sort 
    plotty = store.select_column('wibble', 'PLOT').unique()
    plotty.sort()
#set flag for writing file header
    i=0

#iterate through unique plots to retrieve data and put in dataframe for output
    for item in plotty:
        condition = 'PLOT =' + str(item)
        dfdum = store.select('wibble', [Term(condition)])
        dfdum["mDate"]= pd.to_datetime(dfdum["mDate"], dayfirst=True)
        dfdum.sort(columns=["PLOT", "mDate"], inplace=True)
        dfdum["mDate"] = dfdum["mDate"].map(lambda x: x.strftime("%Y - %m"))
        dfdum=dfdum.pivot("PLOT", "mDate", "D100")

#only print one header to file 
        if i ==0:
             dfdum.to_csv("CL_OP.csv", mode='a')  
             i=1
        else:
             dfdum.to_csv("CL_OP.csv", mode='a', header=False)

    print("successful completion")

filesport()