【发布时间】:2019-11-28 08:44:21
【问题描述】:
如果安装不那么复杂,RDKit 可能是一个不错的软件包。 在 SO 上,有几个问题与 RDKit 的安装有关。 但是,在不同的操作系统或不同的环境中。
我的配置是:
Win10,Python 3.7.4,pip 已安装,PATH 已设置,PYTHONPATH 已设置。
通过python -m pip install <package> 可以正常安装其他模块。
我知道site 建议使用 Anaconda 进行最快的安装。 但是,我没有也不想要 Anaconda。
webpage 上面写着: “从以下位置获取适当的 Windows 二进制版本:https://github.com/rdkit/rdkit/releases”。 但是,没有最新版本的二进制文件。
这意味着,我必须从源代码构建它。我犹豫不决,因为这个过程似乎相当复杂,许多额外的安装都有新的问题和未知数,此外,对于第一次从源代码构建二进制文件的人来说,这些说明似乎已经过时且不完整。
所以,然后我尝试了一些RDKit 的非官方二进制文件。
如果我解压它们并根据说明设置路径,我会收到以下错误消息:
>>> from rdkit import Chem
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:\Users\xyz\Programs\RDKit\rdkit\__init__.py", line 2, in <module>
from .rdBase import rdkitVersion as __version__
ImportError: DLL load failed: The specified module could not be found.
所以,最后是我的问题:
- 如何正确安装上述配置的RDKit?
- 缺少的指定 DLL 是什么?
- 它在哪里期待它并搜索它?
- 这些 RDKit 3.6 二进制文件是否可能与 Python 3.7.4 不兼容?
我很确定这可能是一个“小”的东西(这里的路径或那里的检查),但我被卡住了。感谢您的任何提示。
更新:
显然,这不仅仅是一件“小”的事情。让它发挥作用的机会很可能非常低。 与此同时,我发现了这个:
https://github.com/rdkit/rdkit/issues/1812
https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2389
如果rdkit 的作者写道(2019 年 4 月):
我很高兴能够进行 RDKit 的 pip 分发,但是 据我所知,没有人设法弄清楚如何 让它真正发挥作用。
我很乐意接受已经解决这个问题的人的 PR,但是 我不太可能有时间在附近的任何时候自己做这件事 未来。
所以,如果有人觉得有能力做到这一点,请随意。 如果我想使用 RDKit,我会花时间在其他事情上,或者必须切换到 Anaconda。
【问题讨论】:
-
我完全同意你关于安装 RDKit 的困难和不想使用 conda 的观点。我在 Indigo Toolkit (lifescience.opensource.epam.com/indigo) 中找到了满足我需求的替代方案,并已在带有 python 3.7.4 的 Windows 10 中使用它。
标签: python python-3.x windows installation rdkit