【问题标题】:RDKit installation under Windows and Python3.7.4Windows和Python3.7.4下RDKit安装
【发布时间】:2019-11-28 08:44:21
【问题描述】:

如果安装不那么复杂,RDKit 可能是一个不错的软件包。 在 SO 上,有几个问题与 RDKit 的安装有关。 但是,在不同的操作系统或不同的环境中。

我的配置是: Win10,Python 3.7.4,pip 已安装,PATH 已设置,PYTHONPATH 已设置。 通过python -m pip install <package> 可以正常安装其他模块。

我知道site 建议使用 Anaconda 进行最快的安装。 但是,我没有也不想要 Anaconda。

webpage 上面写着: “从以下位置获取适当的 Windows 二进制版本:https://github.com/rdkit/rdkit/releases”。 但是,没有最新版本的二进制文件。

这意味着,我必须从源代码构建它。我犹豫不决,因为这个过程似乎相当复杂,许多额外的安装都有新的问题和未知数,此外,对于第一次从源代码构建二进制文件的人来说,这些说明似乎已经过时且不完整。

所以,然后我尝试了一些RDKit 的非官方二进制文件。

如果我解压它们并根据说明设置路径,我会收到以下错误消息:

>>> from rdkit import Chem
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\Users\xyz\Programs\RDKit\rdkit\__init__.py", line 2, in <module>
    from .rdBase import rdkitVersion as __version__
ImportError: DLL load failed: The specified module could not be found.

所以,最后是我的问题:

  • 如何正确安装上述配置的RDKit?
  • 缺少的指定 DLL 是什么?
  • 它在哪里期待它并搜索它?
  • 这些 RDKit 3.6 二进制文件是否可能与 Python 3.7.4 不兼容?

我很确定这可能是一个“小”的东西(这里的路径或那里的检查),但我被卡住了。感谢您的任何提示。

更新:

显然,这不仅仅是一件“小”的事情。让它发挥作用的机会很可能非常低。 与此同时,我发现了这个:

https://github.com/rdkit/rdkit/issues/1812

https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2389

如果rdkit 的作者写道(2019 年 4 月):

我很高兴能够进行 RDKit 的 pip 分发,但是 据我所知,没有人设法弄清楚如何 让它真正发挥作用。

我很乐意接受已经解决这个问题的人的 PR,但是 我不太可能有时间在附近的任何时候自己做这件事 未来。

所以,如果有人觉得有能力做到这一点,请随意。 如果我想使用 RDKit,我会花时间在其他事情上,或者必须切换到 Anaconda。

【问题讨论】:

  • 我完全同意你关于安装 RDKit 的困难和不想使用 conda 的观点。我在 Indigo Toolkit (lifescience.opensource.epam.com/indigo) 中找到了满足我需求的替代方案,并已在带有 python 3.7.4 的 Windows 10 中使用它。

标签: python python-3.x windows installation rdkit


【解决方案1】:

在您链接的webpage 上有一个关于缺少 DLL 的部分:

"在 Win7 系统中,您可能会因为缺少 DLL 而遇到麻烦,请参阅邮件列表中的一个线程:http://www.mail-archive.com/rdkit-discuss@lists.sourceforge.net/msg01632.html 您可以从这里下载缺少的 DLL:http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=5555"

不确定这是否有帮助

【讨论】:

  • 感谢您的检查。此链接是关于 Microsoft Visual C++ 可再发行组件的。它们都是在 2008 年、2010 年、2012 年、2013 年、2015 年和 2015-2019 年安装的。我不明白为什么这些错误消息没有告诉你缺少什么。
  • 抱歉没有帮助,虽然我在搜索时也遇到了这个问题; "将 MSVCP100.DLL 和 MSVCR100.DLL 复制到 %RDBASE%\lib\"
猜你喜欢
  • 2018-01-25
  • 2019-01-12
  • 2016-09-11
  • 2020-11-18
  • 1970-01-01
  • 1970-01-01
  • 1970-01-01
  • 2016-08-13
  • 1970-01-01
相关资源
最近更新 更多