在 Google Colab 中安装 RDKit答案

【问题标题】：Installing RDKit in Google Colab在 Google Colab 中安装 RDKit
【发布时间】：2020-11-18 23:42:33
【问题描述】：

我不知道如何解决以下问题。直到今天，我还在使用以下代码 sn-p 在 Google Colab 中安装 RDKit：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

但是，今天我开始收到以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-d24c24e2d1f9> in <module>()
----> 1 from rdkit import Chem
      2 import networkx as nx

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我尝试使用完整的 Anaconda 发行版而不是 Miniconda，并将 python 版本更改为 3.6 和 3.8，但似乎没有任何效果。

【问题讨论】：

在遥远的未来（2021 年 9 月），RDKit 可以通过 pip3 install rdkit-pypi 安装（在 Colabs 中运行良好）。

标签： python google-colaboratory rdkit

【解决方案1】：

我觉得你安装Miniconda的时候需要指定python 3.7（目前rdkit build支持python 3.7），Miniconda最新版本是py3.8：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

https://colab.research.google.com/drive/1MAZyv3O4-TrI8c1MD4JVmwExDquaprRT?usp=sharing

【讨论】：

这行得通，谢谢！执行 !time conda install -y python=3.6 效果也很好
不再工作：这对我有用：gist.github.com/philopon/a75a33919d9ae41dbed5bc6a39f5ede2

【解决方案2】：

如果你想避免安装 Conda，你可以直接解压 anaconda 包

# version 2018 is quite easy
# download & extract
url = 'https://anaconda.org/rdkit/rdkit/2018.09.1.0/download/linux-64/rdkit-2018.09.1.0-py36h71b666b_1.tar.bz2'
!curl -L $url | tar xj lib
# move to python packages directory
!mv lib/python3.6/site-packages/rdkit /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/
x86 = '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
!mv lib/*.so.* $x86/
# rdkit need libboost_python3.so.1.65.1
!ln -s $x86/libboost_python3-py36.so.1.65.1 $x86/libboost_python3.so.1.65.1

对于最新版本，由于 libboost 1.67，它有点复杂。所以，我把它放在我的kora 库中。

!pip install kora -q
import kora.install.rdkit

你会得到版本2020.09.1

【讨论】：

【解决方案3】：

我创建了一个 Python 包来简化设置。你可以找到它here。

它将安装 Miniconda（或任何其他版本）并修补一些使 Colab 变得棘手的东西。

像这样使用它（笔记本中的第一个单元格）：

!pip install -q condacolab
import condacolab
condacolab.install()

内核将重新启动，然后您将能够使用 !shell 语法运行 conda 或 mamba：

!mamba install -c conda-forge rdkit

查看存储库了解更多详情！

【讨论】：