在没有互联网的情况下安装 Bioconductor答案

【问题标题】：Installing Bioconductor without Internet在没有互联网的情况下安装 Bioconductor
【发布时间】：2013-10-16 14:30:34
【问题描述】：

我正在一个禁止通过互联网通信的站点工作。是否可以使用 R CMD INSTALL 安装 Bioconductor ？ Bioconductor 网站上没有记录这种类型的安装，我也没有找到关于这个主题的任何信息。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

另一个答案是given by Kasper Daniel Hansen on the BioC mailing list（另见the final code）。这个想法是在可以访问 Internet 的机器上安装 BiocInstaller 以将软件包下载到磁盘上，然后在没有 Internet 访问权限的机器上以正确的顺序安装它们。

【讨论】：

【解决方案2】：

最简单的方法是在相同类型的机器上安装包（相同的 R 版本、架构（32/64 位）、操作系统），然后将库复制到另一台机器上。查看R's Add-on documentation 以了解您的图书馆的存储位置。

【讨论】：

【解决方案3】：

您可以在您的机构制作 Bioconductor 镜子：

http://www.bioconductor.org/about/mirrors/mirror-how-to/

【讨论】：

【解决方案4】：

我通过电子邮件向 Bioconductor 的人们发送了关于在没有 Internet 的情况下安装 RBGL 软件包的问题，并得到了快速而有用的回复。所以我想我会分享：

使用此处描述的技术的修改版本： Listing R Package Dependencies Without Installing Packages

您最终会得到一份您需要的所有软件包的列表，以便运行 RBGL 和图形（递归依赖）。这原来是 RGBL 和图形本身加上一个额外的包 BiocGenerics。

您可以从他们的包登陆页面下载这些包，例如对于 BiocGenerics：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocGenerics.html

这假设您正在运行 R 3.0.x 并将使用 Bioconductor 2.13.如果您使用的是不同版本的 Bioconductor，请更改上面 URL 中的“发布”以匹配其版本号。

从此页面的“包下载”部分，安装包的适当版本。对图形和 RBGL 执行此操作好吧，将这三个文件复制到目标机器并在那里运行（在此订单） R CMD INSTALL BiocGenerics_* R CMD INSTALL graph_* R CMD 安装 RBGL_*

那么你应该准备好了。

另一件需要考虑的事情是在里面放置一面 Bioconductor 的镜子您机构的防火墙（您需要将 CRAN 镜像托管为好吧）。仅安装几个软件包就需要做很多工作，不过。

其中一些是特定于 RBGL 包的，但这里有足够的信息，这对于任何尝试安装 Bioconductor 包的人来说都是有用的。

【讨论】：