我需要创建一个名为 extractGenes.py 的程序
命令行参数需要取2 OR 3个参数：
-s 是可选参数或开关，表示用户想要拼接的基因序列（去除内含子）。用户不必提供这个（意味着他想要整个基因序列），但他确实提供了它，那么它必须是第一个参数
输入文件（带有基因）
输出文件（程序将在其中创建以存储 fasta 文件
该文件包含如下行：
NM_001003443 chr11 + 5925152 592608098 2 5925152,5925652, 5925404,5926898,
但是，我不确定如何将-s 可选参数包含到启动函数中。
所以我开始了：
getGenes(-s, input, output):
fp = open(input, 'r')
wp = open(output, "w")
但不确定如何包含-s。
【问题讨论】：
标签： python command-line-arguments argparse
Argparse 是一个 python 库，它将为您处理可选参数。 http://docs.python.org/library/argparse.html#module-argparse
【讨论】：
试试这样的：
def getGenes(input, output, s=False):
if s:
...
else:
...
如果输入2个参数，s将为False； 获取基因（输入，输出）
如果你用 3 个参数调用 getGenes()，s 将是第三个参数，所以在这种情况下，用任何非 False 值调用它都会产生 else 子句。
【讨论】：
这个案例很简单，直接使用sys.argv：
import sys
spliced = False
if '-s' in sys.argv:
spliced = True
sys.argv.remove('-s')
infile, outfile = sys.argv[1:]
或者，您也可以使用更强大的工具，如argparse 和optparse 来生成命令行解析器：
import argparse
parser = argparse.ArgumentParser(description='Tool for extracting genes')
parser.add_argument('infile', help='source file with the genes')
parser.add_argument('outfile', help='outfile file in a FASTA format')
parser.add_argument('-s', '--spliced', action='store_true', help='remove introns')
if __name__ == '__main__':
result = parser.parse_args('-s myin myout'.split())
print vars(result)
【讨论】：