DPLYR：将多列从字符转换为整数答案

【问题标题】：DPLYR: Convert multiple columns from character to integerDPLYR：将多列从字符转换为整数
【发布时间】：2020-10-12 18:31:10
【问题描述】：

我正在使用长表，但需要将其（部分）转换为宽表以使用 Vegan 统计包中的数据。但是，当我使用 pivot-wider 函数时，所有列都以字符结尾。我找不到如何将列（以科学物种名称作为标题）转换为整数的解决方案。我已经阅读了很多帖子，但到目前为止所有解决方案都不起作用。我用来创建表格的代码：

biota_C <- (biota_species) %>%
  ungroup() %>% 
  select(Species, Station, Numbers) %>%
  pivot_wider(names_from = Station, values_from = Numbers) %>%
  t() %>%
  row_to_names(row_number = 1)

除了数据类型之外，结果表对我来说看起来不错。Species table

> glimpse(biota_C)
 chr [1:306, 1:27] "0" "1" "0" " 0" " 1" " 2" "1" "2" "0" "4" "0" "0" "0" "0" "0" "3" "0" "1" "0" "0" "0" " 0" ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:306] "X00A2" "X00A4" "X00A6" "X00B2" ...
  ..$ : chr [1:27] "Aphelochaeta marioni" "Arenicola marine" "Aricidea minuta" "Bathyporeia saris" ...

显然我忽略了一些东西。

最好的，贝瑞

【问题讨论】：

标签： r dplyr type-conversion integer character

【解决方案1】：

您使用 row.names 转置了整个 data.frame，因此所有内容都转换为字符。

试试这样的：

df = data.frame(Species = rep(c("Aphelochaeta marioni","Arenicola marine","Aricidea minuta","Bathyporeia saris"),each=5),
Station=rep(letters[1:5],4),Numbers=rpois(20,20))

df %>% 
pivot_wider(names_from = Station, values_from = Numbers) %>%
column_to_rownames("Species") %>% 
t() %>% glimpse()

 int [1:5, 1:4] 15 19 19 22 27 25 20 21 17 23 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:5] "a" "b" "c" "d" ...
  ..$ : chr [1:4] "Aphelochaeta marioni" "Arenicola marine" "Aricidea minuta" "Bathyporeia saris"

【讨论】：

【解决方案2】：

看表的图片，可以看到species表中多了一些空格，所以这个表中的列都是字符。您可以使用dplyr 中的mutate_all 和as.numeric 来转换类型：

biota_C <- biota_C %>% 
  mutate_all(as.numeric)

【讨论】：

谢谢。这会产生或多或少相同的错误：UseMethod("tbl_vars") 中的错误：没有适用于 'tbl_vars' 的方法应用于类“c('matrix', 'character')”的对象

【解决方案3】：

我们可以在dplyr 1.0.0 中使用across 和mutate

library(dplyr)
biota_C <- biota_C  %>%
              mutate(across(everything(), as.numeric))

【讨论】：

谢谢。我试过了，但我得到一个错误： UseMethod("mutate_") 中的错误：没有适用于 'mutate_' 的方法应用于类 "c('matrix', 'character')" 的对象
@BerryvanderHoorn 如果你有一个matrix 对象，然后用as.data.frame 转换为data.frame 即as.data.frame(biota_C) %>% mutate(..
这工作 akrun，非常感谢！显然，转置数据会将其转换为矩阵。我会考虑到这一点。