错误：物体之间的平均距离为零

Question

我正在尝试学习 R 中的“kohonen”包。特别是，有一个名为“supersom()”的函数（https://www.rdocumentation.org/packages/kohonen/versions/3.0.10/topics/supersom，对应于无监督机器学习中使用的 SOM（自组织映射）算法） ) 我正在尝试应用于某些数据。

下面，（来自上一个问题：R error: "Error in check.data : Argument Should be Numeric"）我学习了如何将“supersom()”函数应用于一些带有“因子”和“数值”变量的人工创建数据。

#the following code works

#load libraries 
    library(kohonen)
    library(dplyr)
    
#create and format data

a =rnorm(1000,10,10)
b = rnorm(1000,10,5)
c = rnorm(1000,5,5)
d = rnorm(1000,5,10)
e <- sample( LETTERS[1:4], 100 , replace=TRUE, prob=c(0.25, 0.25, 0.25, 0.25) )
f <- sample( LETTERS[1:5], 100 , replace=TRUE, prob=c(0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2) )
g <- sample( LETTERS[1:2], 100 , replace=TRUE, prob=c(0.5, 0.5) )

data = data.frame(a,b,c,d,e,f,g)
data$e = as.factor(data$e)
data$f = as.factor(data$f)
data$g = as.factor(data$g)

cols <- 1:4
data[cols] <- scale(data[cols])

#som model
som <- supersom(data= as.list(data), grid = somgrid(10,10, "hexagonal"), 
                dist.fct = "euclidean", keep.data = TRUE)

一切正常 - 问题是，当我尝试对“更真实和更大的数据”应用“supersom()”函数时，出现以下错误：

"Error: Non-informative layers present : mean distances between objects zero"

当我查看此函数 (https://rdrr.io/cran/kohonen/src/R/supersom.R) 的源代码时，我注意到相同错误的引用：

  if (any(sapply(meanDistances, mean) < .Machine$double.eps))
        stop("Non-informative layers present: mean distance between objects zero")
      

谁能告诉我如何解决这个错误，即让“supersom()”函数处理因子和数值数据？

我认为删除重复行和 NA 可能会解决此问题：

data <- na.omit(data)
data <- unique(data)

但是同样的错误（“存在非信息层：物体之间的平均距离为零”）仍然存在。

有人可以帮我找出可能导致此错误的原因吗？注意：当我删除“因子”变量时，一切正常。

来源：

https://cran.r-project.org/web/packages/kohonen/kohonen.pdf

https://www.rdocumentation.org/packages/kohonen/versions/2.0.5/topics/supersom

https://rdrr.io/cran/kohonen/src/R/supersom.R

Answer 1

如果您有某些数字列的平均值为 0，则会发生错误。您可以通过将任何 1 列变为 0 来重现该错误。

data$a <- 0
som <- supersom(data= as.list(data), grid = somgrid(10,10, "hexagonal"), 
                dist.fct = "euclidean", keep.data = TRUE)

supersom(data = as.list(data), grid = somgrid(10, 10, "hexagonal"), 中的错误： 存在非信息层：物体之间的平均距离为零

也许您可以调查为什么这些列的平均值为 0，或者从数据中删除平均值为 0 的列。

library(kohonen)
library(dplyr)

data <- data %>% select(where(~(is.numeric(.) && mean(.) > 0) | !is.numeric(.)))
#som model
som <- supersom(data= as.list(data), grid = somgrid(10,10, "hexagonal"), 
                dist.fct = "euclidean", keep.data = TRUE)