将参数传递给子集（）和唯一（）答案

【问题标题】：Passing argument to subset() and unique()将参数传递给子集（）和唯一（）
【发布时间】：2016-05-05 01:13:29
【问题描述】：

我正在使用 phyloseq 包。

test <- function( ...){

bar <- unique(sampleData[,'pH'])

foo <- subset_samples(phyloseqObject, pH == as.numeric(bar[1]@.Data))
print(foo)

}

test(pH)

我想将 pH 作为参数传递给 test()，但 unique() 不会接受它是有效的。我可以将 'pH' 传递给test()，但subset_samples() 不会接受它是有效的。我曾尝试将论点强制转换为几种不同的类型，但没有成功。

subset_samples 的来源：

subset_samples <- function(physeq, ...){
    if( is.null(sample_data(physeq)) ){ 
        cat("Nothing subset. No sample_data in physeq.\n")
        return(physeq)
    } else {
        oldDF <- as(sample_data(physeq), "data.frame")
        newDF <- subset(oldDF, ...)
        if( class(physeq) == "sample_data" ){
            return(sample_data(newDF))
        } else {
            sample_data(physeq) <- sample_data(newDF)
            return(physeq)
        }
    }
}

【问题讨论】：

你能用吗？：bar <- unique(sampleData$pH)
@desc 这适用于unique()，但我仍然无法传递给subset()。

标签： r parameter-passing subset phyloseq

【解决方案1】：

试试这个：

test=function(x,...){
   bar=unique(mtcars[,x])
   foo=subset(mtcars,mtcars[,x]==bar[1])
   return(foo)
}

【讨论】：

但在我的情况下，subset() 调用通过 subset_samples() 并且该函数需要一个逻辑表达式。由于 phyloseq 类的构建方式，我需要以这种方式使用它。
为了清楚起见，将源添加到subset_samples()。
我终于想通了。感谢您为我指明正确的方向。
太棒了！很高兴为您提供帮助！

【解决方案2】：

根据@desc 所说的，我设法解决了这个问题：

test <- function(...){

    bar <- unique(sampleData[,...])

    foo <- subset_samples(phyloseqObject, eval(parse(bar@names)) == as.numeric(bar[1]))
    print(foo)

}

test('pH')

【讨论】：