如何在文件中压缩-1

Question

我有如下文件

-1  1 -1
2  -1  2
-1  2  0

我想将元素“-1”压缩

tr -s  '-1' file

但它不起作用。

添加

我使用 vcftools 将 vcf.gz 更改为具有元素“0”、“1”或“2”的矩阵（例如，chr1.012）（缺失值为“-1”）。但我发现每一行的长度是不同的。所以我怀疑是不是因为“-1”。所以我想挤压“-1”元素。

Answer 1

它不适用于tr，因为：

• -1 将被视为具有两个字符 - 和 1 的字符集，而不是单个标记 -1

• 此外，即使您只有一个字符，也需要出现相邻的位置才能让tr 应用挤压操作

Answer 2

你可以在sed中实现类似的功能

$ echo "-1-1-1 2 -1" | sed -r 's/(-1)+/-1/g'
-1 2 -1

用一个实例替换-1s 的连续流。