将邻接矩阵转换为 Cytoscape 的 Edgelist（csv 文件）答案

【问题标题】：Convert Adjacency Matrix into Edgelist (csv file) for Cytoscape将邻接矩阵转换为 Cytoscape 的 Edgelist（csv 文件）
【发布时间】：2015-06-17 09:34:03
【问题描述】：

我在 csv 文件中有一个大的（200 列/行）邻接矩阵。这详细说明了个人之间的互动。我想将此文件转换为边缘列表，可以手动完成，但会花费大量时间。

数据的一小部分如下所示（第一个单元格是空格）：

        A   B   C   
    A   0   0   1   
    B   0   0   1   
    C   1   0   0

我想把它变成这样：

    A  1  C
    B  1  C
    C  1  A

这只是示例数据。基本上我想要的是绘制这些节点如何交互，并从中绘制这些交互的网络。我在 R 包 PCIT 中尝试了以下代码，但它返回错误：

    install.packages("PCIT")
    library(PCIT)
    input=read.csv('mouse.csv',header=TRUE,row.names=1,check.names=FALSE)
    setwd('/Users/Plosslab/Documents/PythonStuff')
    getEdgeList(input, rm.zero=TRUE)

但我收到以下错误：

    Error in structure(.Internal(as.vector(x, "double")), Csingle = TRUE) : 
    (list) object cannot be coerced to type 'double'

【问题讨论】：

标签： python r csv cytoscape

【解决方案1】：

获取数据：

m <- as.matrix(read.table(text="
     A   B   C   D
    A   0   0   0   1
    B   0   0   1   0
    C   1   0   0   1",
   header=TRUE))

怎么样

w <- which(m==1,arr.ind=TRUE)
data.frame(r=rownames(m)[w[,"row"]],
           i=1,
           c=colnames(m)[w[,"col"]])
##   r i c
## 1 C 1 A
## 2 B 1 C
## 3 A 1 D
## 4 C 1 D

（你关心订单吗...？）

PCIT 无论如何都假定对称，所以这对你来说可能是个问题。

【讨论】：

您可以通过 w <- w[order(w[, 1]), ] 之类的方式重新排序，然后我猜剩下的就做。
有没有办法做到这一点而不像那样粘贴表格？我的矩阵是 200 行乘 200 列，相当大。
我只粘贴了矩阵，以便有一些数据可以使用。如果您从矩阵 m 开始（数据框可能有效，也可能无效，我不知道）您应该没问题。
非常感谢。我只是使用 read.csv 并将整个数据框写入一个表，似乎工作。谢谢！

【解决方案2】：

with open('input.csv') as infile:
    infile.readline()
    for row in csv.reader(infile, delimiter='\t'):
        src = row[0]
        weights = [int(i) for i in row[1:]]
        for dest, weight in zip("ABC", weights):
            if not weight: continue
            print(src, weight, dest)

【讨论】：

我是一个相对的 Python 新手，但是：为什么 if not weight: continue; print ... 而不是 if weight: print ... ??
@BenBolker：它们都是一样的。这只是我个人的喜好，仅此而已