从命令行运行 R 脚本（从 python 执行）

Question

我目前正在尝试从命令行运行 R 脚本（我的最终目标是将它作为 python 脚本的最后一行执行）。我不确定批处理文件是什么，或者如何使我的 R 脚本“可执行”。目前它被保存为 .R 文件。当我从 R 运行它时它可以工作。
如何从 Windows 命令提示行执行此操作？我需要下载一个叫做 Rscript.exe 的东西吗？我只是将我的 R 脚本保存为 .exe 文件吗？请告知实现这一目标的最简单方法。
R: 3.3 版 python: 3.x 版 os: windows

Answer 1

您可能已经拥有 R，因为您已经可以运行您的脚本了。

您所要做的就是找到它的二进制文件（Rscript.exe 文件）。

然后打开windows命令行（[cmd] + [R] > 输入：“cmd” > [enter]）

输入 R.exe 的完整路径，然后输入脚本的完整路径。

Answer 2

您已经拥有Rscript，它与您的 R 版本一起提供。如果 R.exe、Rgui.exe、... 在您的路径中，那么 Rscript.exe 也是。

您从 Python 拨打的电话可能只是 Rscript myFile.R。 Rscript 比R BATCH CMD ... 和其他非常陈旧过时的 使用模式要好得多。

Answer 3

如前所述，Rscript.exe 是运行 R 脚本的自动化可执行文件，随任何 R 安装（通常位于 bin 文件夹中）一起提供，@Dirk Eddelbuettel mentions 是推荐的自动化版本。在 Python 中，您可以以 subprocess 的形式运行 任何 外部程序，包括 call、check_output、check_call em> 或 Popen，后者提供更多便利，例如捕获子进程中的错误。

如果 R 目录在您的 PATH environmental variable 中，则无需包含 RScript.exe 的完整路径，只需包含程序名称 Rscript。请注意，这与 Linux 或 Mac 操作系统的过程完全相同。

command = 'C:/R-3.3/bin/Rscript.exe'          # OR command = 'Rscript'
path2script = 'C:/Path/To/R/Script.R'
arg = '--vanilla'

# CHECK_CALL VERSION
retval = subprocess.check_call([command, arg, path2script], shell=True)

# CALL VERSION
retval = subprocess.call(["'Rscript' 'C:/Path/To/R/Script.R'"])

# POPEN VERSION (W/ CWD AND OUTPUT/ERROR CAPTURE)
curdir = 'C:/Path/To/R/Script'
p = subprocess.Popen(['Rscript', 'Script.R'], cwd=curdir,
                     stdin = subprocess.PIPE, stdout = subprocess.PIPE, 
                     stderr = subprocess.PIPE)            
output, error = p.communicate()

if p.returncode == 0:            
    print('R OUTPUT:\n {0}'.format(output.decode("utf-8")))
else:                
    print('R ERROR:\n {0}'.format(error.decode("utf-8")))