在 macOS 的 conda 环境下使用 R 包

Question

我正在尝试在 macOS 的 conda 环境中使用包含 Rcpp + OpenMP 的 R 包。我阅读了 conda 环境文档；但是，我无法解决以下可重现示例中的问题。大多数文档都是基于解决 macOS 上的 OpenMP 问题（clang+llvm）。我想知道 conda 环境是否有任何资源或文档。这些步骤在 Linux 系统（使用 conda）和 macOS（没有 conda）上运行没有任何问题。

这是可重现的示例：

在 macOS 中：

第 1 步：创建 conda 环境并安装 R：

conda create -n env r-essentials r-base

第 2 步：激活环境

conda activate env

第 3 步：安装 rstudio

conda install -c r rstudio

第 4 步：安装一些必需的软件包

conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-wcorr
conda install -c r r-ranger
conda install -c conda-forge r-rcpparmadillo
conda install -c r r-testthat
conda install -c conda-forge r-superlearner
conda install -c conda-forge r-polycore
conda install -c conda forge r-logger
conda install -c anaconda llvm
conda install -c conda-forge openmp

第 5 步：运行 rstudio

第 6 步：在 rstudio 内部

library('devtools')
install_github('fasrc/CausalGPS')

我收到以下错误：

In file included from ColorSpace.cpp:1:
In file included from ./ColorSpace.h:4:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/typeinfo:60:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/exception:81:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/cstdlib:85:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/stdlib.h:100:
env/bin/../include/c++/v1/math.h:773:12: error: no member named 'labs' in the global namespace; did you mean 'abs'?
 return ::labs(__x);
     ~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:772:39: note: 'abs' declared here
inline _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY long abs(long __x) _NOEXCEPT {
                   ^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:777:12: error: no member named 'llabs' in the global namespace
 return ::llabs(__x);
     ~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:785:12: error: no member named 'fabsf' in the global namespace
 return ::fabsf(__lcpp_x);
     ~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:789:12: error: no member named 'fabs' in the global namespace; did you mean 'abs'?
 return ::fabs(__lcpp_x);
     ~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:772:39: note: 'abs' declared here
inline _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY long abs(long __x) _NOEXCEPT {
                   ^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:794:12: error: no member named 'fabsl' in the global namespace
 return ::fabsl(__lcpp_x);
 ~~^

我想我需要设置一些环境变量；但是，我找不到应该导出哪些变量。你有什么想法吗？

Answer 1

对我有用，进行一些我认为是更好的做法的调整：

• 不要使用 Conda 的 RStudio - 这是一个废弃的项目； see alternatives
• 仅使用 conda-forge 通道 - 混合通道可能存在动态库问题
• 使用 YAML 获得更可靠的需求规范
• 明确声明 R 版本 (r-base)
• 包含the declared Imports 中的所有内容（除了作为其他包的依赖项包含的内容）
• conda-forge::r-cli>=3 builds are broken，所以我把它固定到最新的工作版本
• 使用mamba，因为conda 很慢

这是一个用于创建环境的 YAML：

causalgps-env.yaml

name: causalgps
channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - r-base=4.1
  - r-tidyverse
  - r-devtools
  - r-xgboost
  - r-superlearner
  - r-earth
  - r-ranger
  - r-gam
  - r-kernsmooth
  - r-gnm
  - r-polycor
  - r-wcorr
  - r-rlang
  - r-glue
  - r-logger
  - r-cli>=2,<3

步骤如下：

1. 创建环境。

   ## install Mamba if you don't have it
   ## conda install -n base conda-forge::mamba
   mamba env create -n causalgps -f causalgps-env.yaml
   

2. 在环境中运行 R 会话。

   conda activate causalgps
   R
   

3. 安装包。

   library(devtools)
   install_github('fasrc/CausalGPS')
   

4. 测试加载。

   library(CausalGPS) ## works