使用用户输入文件生成 PDF 报告 - Shiny

Question

我创建了 R 代码，允许我转换和分析数据，然后将结果以表格的形式输出到 PDF 报告中。最近，我决定与不熟悉 R 的大学分享我的工作。因此，我想创建一个 Shiny 应用程序，让他们无需安装 R 就可以使用我的工作。 Shiny 应用程序将用作上传数据然后下载报告的平台。不幸的是，我无法将结果输出为 PDF。

我的 Shiny 代码如下所示：

library(knitr)

ui <- fluidPage(
  fluidRow(
    column(3,
           wellPanel(
             fileInput(inputId = "files",
                       label = "Choose csv files",
                       accept=c('text/csv', 
                                'text/comma-separated-values,text/plain',
                                '.csv'),
                       multiple = TRUE),
             textInput('filename', 'File name', value = ''),
             downloadButton('report', label = 'Download PDF')
             )
           )
    )
  )

server <- function(input, output) {

  data_set <- reactive({if(!is.null(input$files)) {
    max_table = length(input$files[,1])

    lst <- list()
    for(i in 1:length(input$files[,1])){
      lst[[i]] <- read.csv(input$files[[i, 'datapath']], sep = ",", header = TRUE, skip = 4, dec = ".")
    }

    lst <- lapply(lst, function(x) xtable(x))}})



  output$report = downloadHandler(
    filename = reactive({paste0(input$filename,'.pdf')}),

    content = function(file) {
      out = knit2pdf('pdf_shell.Rnw', clean = TRUE)
      file.rename(out, file) # move pdf to file for downloading
    },

    contentType = 'application/pdf'
  )
  }


shinyApp(ui = ui, server = server)

我的.Rnw 文件如下所示：

\documentclass{article}
\usepackage{tabularx}

\begin{document}

\begin{table}[H]
\begin{tabularx}
\textbf{Test Name:}& \Sexpr{input$filename} \\
\textbf{Date:}&  \\
\end{tabularx}
\end{table}

<<echo = FALSE , message = F, >>=
data_set
@


\end{document}

显然加载data_set 不起作用，我不知道如何继续。 现在我只想输出由我加载到 Shiny 中的数据创建的表。

非常感谢您的帮助。

旁注： csv 文件是外部简单的数据帧，由填充数据的标题和列组成。

当在 R 中 c 输出时，它们应该看起来像这样：

$data001
 A   B   C   D   E
 X   10  30  50  70
 Y   20  40  60  80

Answer 1

问题因为在shiny

data_set 是 reactive 所以你不能像这样使用它

<<echo = FALSE , message = F, >>=
data_set
@

在你的.Rnw

所以试试

.Rnw

\documentclass{article}
\usepackage{tabularx}

\begin{document}

\begin{table}[H]
\begin{tabularx}
\textbf{Test Name:}& \Sexpr{input$filename} \\
\textbf{Date:}&  \\
\end{tabularx}
\end{table}

<<echo = FALSE , message = F, >>=
data_set_1
@


\end{document}

处理程序

downloadHandler(
    filename = reactive({paste0(input$filename,'.pdf')}),

    content = function(file) {
      data_set_1=data_set()
      out = knit2pdf('pdf_shell.Rnw', clean = TRUE)
      file.rename(out, file) # move pdf to file for downloading
    },

    contentType = 'application/pdf'
  )

或者可能是简单的data_set() in .Rnw