【问题标题】:How to implement an image(2D array) sequence sliding window in tensorflow?如何在张量流中实现图像(二维数组)序列滑动窗口?
【发布时间】:2019-07-11 18:08:33
【问题描述】:

上下文

我们有数据存储在.tfrecord 文件中,X 是我们的训练数据 > 40x40 灰度图像和Y: 是标签。这些图像按顺序排列(顺序很重要)。我们想使用 Tensorflows Estimator API 输入这些图像,以使用 GoogleML 训练具有各种时间窗口大小和移位的神经网络模型(例如:LSTM)。

问题

如何将输入的特征字符串重塑为一定长度的序列,例如将1000 图像放入一个序列,然后对这些序列执行窗口化,例如获取50 图像的窗口,窗口移位25

当前状态

我们已经成功地实现了这一点(下面的稀疏示例),而不是第一次重塑为 1000 个长度集,但是 结果是窗口从一个集合的元素 975 跨越到下一个集合的元素 25,我们这样做不想我们需要从每组1000 图像的开始到结束的重叠窗口,但不能跨越它们的边界。

import tensorflow as tf

# .tfrecord file consisting of data 'X' and labels 'Y'
dataset = tf.data.TFRecordDataset('.tfrecord file')

# define parse function for dataset.map function
def _parse_function(proto):
    # define constants for parsing
    image_size = 40
    num_channels = 1
    num_classes = 3


    # define your tfrecord feature keys and 
    # reshape 1D arrays into 2D arrays (images)
    keys_to_features = {'X': tf.FixedLenFeature([image_size, image_size, num_channels], tf.float32),  # image height, image width, num_channels
                    'Y': tf.FixedLenFeature([], tf.int64)}

    # Load one example
    parsed_features = tf.parse_single_example(proto, keys_to_features)

    # extract image and labels
    image = parsed_features['X']
    labels = tf.cast( parsed_features['Y'], tf.int32 )
    labels = tf.one_hot( labels, depth=num_classes )  # one hot encoding

    return image, labels

# reshape the data into parse format
dataset = dataset.map(_parse_function)

# define dataset parameters
window_size = 50
batch_size = 500
window_shift = int( window_size / 2 )  # 25

# implement sliding window 
dataset = dataset.window(size=window_size, shift=window_shift, drop_remainder=True ).flat_map( lambda x: x.batch(window_size) )

# batch the data
dataset = dataset.batch(batch_size)

# create an iterator
# iterator = dataset.make_one_shot_iterator().get_next()

上面的iterator 将为X 数据返回一个形状张量(batch_size、window_size、image_height、image_width、通道数),在我们的例子中(500, 50, 40, 40, 1)Y 作为(500, 3) 数组。

【问题讨论】:

    标签: python tensorflow machine-learning neural-network lstm


    【解决方案1】:

    我设法通过过滤掉跨越边界的窗口来做到这一点。一旦你有了解析的特性,就对所有内容应用窗口,然后计算哪些窗口是溢出的窗口并将它们过滤掉:

    ds = tf.data.TFRecordDataset( filename )
    ds = ds.map( _parse_function )
    
    # apply windowing
    ds = ds.window( size=50, shift=25, drop_remainder=True ).flat_map( lambda x, y: tf.data.Dataset.zip( (x.batch(50), y.batch(50)) ) )
    # enumerate dataset and filter every 40th window
    ds = ds.apply( tf.data.experimental.enumerate_dataset(start=1) ).filter( lambda i, x: tf.not_equal( i % 40, 0) )
    # get rid of enumerations
    ds = ds.map( lambda i, x: x )
    
    # batching, shuffling etc...
    ...
    

    澄清:每 40 个窗口过滤一次,因为如果您有 1000 个组和 25 个窗口移位,则将有 set_len / win_shift = 40 个窗口,最后一个(即第 40 个)将溢出到下一组。另请注意,枚举从 1 开始,因此不会取出第 0 个样本,因为 0 % x == 0

    请注意,这与其说是真正的解决方案,不如说是一种 hack。它适用于 50% 的重叠,但在其他百分比下,计算要丢弃的索引变得更加复杂(如果重叠 >50%,多个窗口会溢出到下一组,因此需要多个过滤器)。

    【讨论】:

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