在 python 中绘制 3d 向量（数组）

Question

使用 numpy Packet i 生成的向量（数组）包含蛋白质中几个原子的 x、y、z 坐标。我想绘制这些向量。

有人知道怎么做吗？ 由于我无法绘制数组本身，因此我尝试使用循环绘制原子的坐标，如下所示：

from matplotlib import pyplot as pot
import matplotlib as mpl
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import numpy as np
for i in range(3):
   plt.plot(atom1[i],atom2[i])

在这种情况下，我收到以下错误消息：TypeError: object of type 'float' has no len()

感谢您的帮助:)

Answer 1

发生错误是因为 plt.plot(x, y) 期望 x 和 y 是列表或数组，当您给它一个浮点数时，它有一个长度。您可以通过将[atom1[i]] 括在方括号中使其成为一个列表来避免这种情况。

但是，通常最好避免这种情况，因为目前还不清楚发生了什么。无需循环遍历每个原子，只需将它们全部粘贴到一个数组中，然后绘制数组的列。您甚至可能会发现，当您创建原子时，您可以首先在数组中创建它们。示例：

from matplotlib import pyplot as plt
import matplotlib as mpl
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import numpy as np

# Define several atoms, these are numpy arrays of length 3
# randomly pulled from a uniform distribution between -1 and 1

atom1 = np.random.uniform(-1, 1, 3)
atom2 = np.random.uniform(-1, 1, 3)
atom3 = np.random.uniform(-1, 1, 3)
atom4 = np.random.uniform(-1, 1, 3)

# Define a list of colors to plot atoms

colors = ['r', 'g', 'b', 'k']

# Here all the atoms are stacked into a (4, 3) array
atoms = np.vstack([atom1, atom2, atom3, atom4])

ax = plt.subplot(111, projection='3d')

# Plot scatter of points
ax.scatter3D(atoms[:, 0], atoms[:, 1], atoms[:, 2], c=colors)

plt.show()

我添加了颜色，因为它有助于查看哪个原子是哪个。