将复杂的 bash 命令合并到 python 中答案

【问题标题】：Incorporate complex bash command into python将复杂的 bash 命令合并到 python 中
【发布时间】：2014-04-08 02:51:08
【问题描述】：

我需要从 python 脚本调用 bash 并将结果存储在变量中（输出为一个数字）。

我需要

output = subprocess.call('command', shell=True)

用 command 替换为我的 bash 单行代码的输出，如下所示：

cat file.sam | grep -v "@" | grep "gi|519666810|ref|NM_001278619.1|"  | perl -lane '$l = 0; $F[5] =~ s/(\d+)[MX=DN]/$l+=$1/eg; print $l' | awk '{ sum+=$1} END {print sum}'

我知道简单的命令可以正常工作：

    output = subprocess.check_output("echo 122;", shell=True)

我的问题是，我需要 bash 单行而不是 122。如果我不需要重新格式化它并且可以按原样使用它，那将是完美的。

这是我的尝试：

    output = subprocess.check_output("cat file.sam | grep -v "@" | grep "gi|519666810|ref|NM_001278619.1|"  | perl -lane '$l = 0; $F[5] =~ s/(\d+)[MX=DN]/$l+=$1/eg; print $l' | awk '{ sum+=$1} END {print sum}'
    ", shell=True)

      File "script.py", line 9
        output = subprocess.check_output("cat file.sam | grep -v "@" | grep "gi|519666810|ref|NM_001278619.1|"  | perl -lane '$l = 0; $F[5] =~ s/(\d+)[MX=DN]/$l+=$1/eg; print $l' | awk '{ sum+=$1} END {print sum}'
                                                                  ^
    SyntaxError: invalid syntax

尝试二：

    output = subprocess.check_output("cat file.sam | grep -v \"@\" | grep \"gi|519666810|ref|NM_001278619.1|\"  | perl -lane '$l = 0; $F[5] =~ s/(\d+)[MX=DN]/$l+=$1/eg; print $l' | awk '{ sum+=$1} END {print sum}'
", shell=True)

  File "script.py", line 9

    output = subprocess.check_output("cat file.sam | grep -v \"@\" | grep \"gi|519666810|ref|NM_001278619.1|\"  | perl -lane '$l = 0; $F[5] =~ s/(\d+)[MX=DN]/$l+=$1/eg; print $l' | awk '{ sum+=$1} END {print sum}'
                                                                                                                                                                                                                    ^
SyntaxError: EOL while scanning string literal

【问题讨论】：

我不明白你的问题是什么。它适用于echo 122 吗？当你用你的实际命令替换它时会发生什么？
您需要将 bash 命令管道分解为子进程的各个命令，然后使用子进程创建管道。但说真的，为什么不在 python 中这样做而不是搞乱 bash？
Here's something that might help you.
@Blorgbeard 我编辑了我的问题以使其更清楚，谢谢
您在最后一次尝试中错过了结束 ")。

标签： python bash

【解决方案1】：

感谢您的帮助！最后，这行得通：

command = "cat file.sam | grep -v \"@\" | grep \"gi|519666810|ref|NM_001278619.1|\"  | perl -lane '$l = 0; $F[5] =~ s/(\d+)[MX=DN]/$l+=$1/eg; print $l' | awk '{ sum+=$1} END {print sum}'";
process = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=None, shell=True)
#Launch the shell command:
output = process.communicate()[0];

【讨论】：

我意识到这段代码很简洁，但是使用带有shell=True 的子进程是不好的做法——它非常等同于在 bash 中使用eval，具有所有相同的随之而来的安全性和正确性问题.正确的做法虽然可能很长，但在单独的 Popen 对象中为每个管道元素指定 argv。