Python subprocess（）在bash中读取文件答案

【问题标题】：Python subprocess() reading file in bashPython subprocess（）在bash中读取文件
【发布时间】：2022-01-05 20:17:02
【问题描述】：

我有一个用于文件的 shell 命令，如下所示：

filename="/4_illumina/gt_seq/gt_seq_proccessor/200804_MN01111_0025_A000H35TCJ/fastq_files/raw_data/200804_MN01111_0025_A000H35TCJ.demultiplex.log"

assembled_reads=$(cat $filename | grep -i " Assembled reads ...................:" | grep -v "Assembled reads file...............:")

现在我正在尝试在 python 环境中使用子进程运行它：

task = subprocess.Popen("cat $filename | grep -i " Assembled reads ...................:" | grep -v "Assembled reads file...............:"", shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
p_stdout = task.stdout.read()
print (p_stdout)

这不起作用，因为我无法将文件名变量从 python 解析到 shell，并且我编写 grep 命令的方式可能存在语法错误。

有什么建议吗？

【问题讨论】：

引号不平衡。
谢谢，刚刚编辑好了
在 Python task = subprocess.Popen(f"cat ${filename} | ... 的第一行的开头尝试过（然后是该行的其余部分），您也使用了上面在 Python 中发布的文件名分配？你有机会在你的机器上使用 IPython 或 Jupyter 吗？在这些情况下，您可以使用更简单的选项将 bash 与 Python 混合。
引号还是不平衡。您必须使用 "\" 转义内部 "s。
这工作task = subprocess.Popen(f"cat {filename}", shell=True,stdout=subprocess.PIPE)

标签： python python-3.x shell subprocess

【解决方案1】：

我会考虑在 python 中进行所有的阅读和搜索，也许会重新考虑你想要实现的目标，但是：

在外壳中：

$ export filename=/tmp/x-output.GOtV

在 Python 中（注意访问$filename 并在命令中混合引号，我还使用自定义 grep 命令来简化一些事情）：

import os
import subprocess
tmp = subprocess.Popen(f"cat {os.environ['filename']} | grep -i 'x'", shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
data = tmp.stdout.read()
print(data)

虽然可行，但解决方案......不是我认为的干净代码。

【讨论】：

【解决方案2】：

此代码似乎无需外部工具即可解决您的问题。

filename="/4_illumina/gt_seq/gt_seq_proccessor/200804_MN01111_0025_A000H35TCJ/fastq_files/raw_data/200804_MN01111_0025_A000H35TCJ.demultiplex.log"
for line in open(filename):
    if "Assembled reads" in line and "Assembled reads file" not in line:
        print(line.rstrip())

【讨论】：

谢谢，我决定采用pythonic方式！