如何从项目的 renv 库中的 Rmd 文件中停止 rmarkdown::render()？

Question

我有一个使用默认 blogdown::build_site() 路由编译的 Hugo 博客。

我决定试一试renv::，因为我的一些帖子情节繁重并且容易依赖旧的软件包版本，所以为什么不确保将来完整的站点重建不会造成问题，对吧？考虑到这一点，我决定使用renv 的最佳方式是让每篇博文（在/content/post/ 中）都有自己的renv 项目。由于renv 使用了全局库缓存，这甚至不会造成太大的存储损失。

现在博客无法编译，因为rmarkdown::render()（每篇博文都由build_site() 调用）似乎遍历每篇博文的整个树来寻找 Rmd 文件，当然还会在 @ 中发现一些987654333@ library 文件夹，愉快地尝试编译它们 - 并且可以预见的失败。

所以我的问题是

• 是否将每篇博文置于自己的renv 环境中，这违背了惯例（我刚开始学习 renv 和朋友们）？
• 如果不是，为什么build_site() 不适合renv？我错过了什么吗？还是我发现了一个真正的问题？还是我应该松手并切换到manual blogdown site-building method？

这个问题似乎微不足道（我们只需要阻止render() 遍历/renv/ 目录），但据我所知，blogdown 和 renv 之间的这种相互作用似乎没有被探索过（我只发现了一些切线@ 987654322@questions，所以我想我可以先在这里寻求建议。

我的网站是使用Rscript -e "blogdown::build_site(local=FALSE)" 构建的（不使用 RStudio 中的按钮）。一旦此脚本开始在 renv 库树中渲染 Rmd 文件，它最终会失败：

$ Rscript -e "blogdown::build_site(local=FALSE)"
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/blogdown/resources/2015-07-23-r-rmarkdown.Rmd
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/bookdown/rstudio/templates/project/resources/01-intro.Rmd
[WARNING] This document format requires a nonempty <title> element.
  Defaulting to '01-intro.utf8' as the title.
  To specify a title, use 'title' in metadata or --metadata title="...".
Warning message:
The label(s) intro, methods not found
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/bookdown/rstudio/templates/project/resources/02-literature.Rmd
[WARNING] This document format requires a nonempty <title> element.
  Defaulting to '02-literature.utf8' as the title.
  To specify a title, use 'title' in metadata or --metadata title="...".
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/bookdown/rstudio/templates/project/resources/03-method.Rmd
[WARNING] This document format requires a nonempty <title> element.
  Defaulting to '03-method.utf8' as the title.
  To specify a title, use 'title' in metadata or --metadata title="...".
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/bookdown/rstudio/templates/project/resources/04-application.Rmd
[WARNING] This document format requires a nonempty <title> element.
  Defaulting to '04-application.utf8' as the title.
  To specify a title, use 'title' in metadata or --metadata title="...".
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/bookdown/rstudio/templates/project/resources/05-summary.Rmd
[WARNING] This document format requires a nonempty <title> element.
  Defaulting to '05-summary.utf8' as the title.
  To specify a title, use 'title' in metadata or --metadata title="...".
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/bookdown/rstudio/templates/project/resources/06-references.Rmd
[WARNING] This document format requires a nonempty <title> element.
  Defaulting to '06-references.utf8' as the title.
  To specify a title, use 'title' in metadata or --metadata title="...".
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/bookdown/rstudio/templates/project/resources/index.Rmd
Rendering content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/cli/doc/pluralization.Rmd
Quitting from lines 15-15 (./../man/chunks/pluralization.Rmd)
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
Calls: local ... call_block -> lapply -> FUN -> knit -> readLines -> file
In addition: Warning message:
In file(con, "r") :
  cannot open file './../man/chunks/pluralization.Rmd': No such file or directory
Execution halted
Error in render_page(f) :
  Failed to render 'content/post/2016-11-18-notes-inorganic-chemistry/renv/library/R-3.6/x86_64-pc-linux-gnu/cli/doc/pluralization.Rmd'
Calls: <Anonymous> -> build_rmds -> render_page
Execution halted

这是我的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.4 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_GB.UTF-8        LC_COLLATE=en_GB.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.6.2  htmltools_0.4.0 tools_3.6.2     rstudioapi_0.11
 [5] yaml_2.2.1      Rcpp_1.0.4.6    rmarkdown_2.1   knitr_1.28     
 [9] digest_0.6.25   xfun_0.13       packrat_0.5.0   rlang_0.4.5    
[13] renv_0.9.3      evaluate_0.14  

Answer 1

至于我的问题的第二部分，blogdown::build_site()source code 提供了明确的答案。

build_site() 调用 list_rmds()，它执行以下操作（从源逐字复制，很容易理解）：

list_rmds = function(dir, check = FALSE) {
  files = list.files(dir, rmd_pattern, recursive = TRUE, full.names = TRUE)
  # exclude Rmd that starts with _ (preserve these names for, e.g., child docs)
  # but include _index.Rmd/.md
  files = files[!grepl('^_', basename(files)) | grepl('^_index[.]', basename(files))]
  # do not allow special characters in filenames so dependency names are more
  # predictable, e.g. foo_files/
  if (check) bookdown:::check_special_chars(files)
  files
}

可以看出，它以递归方式列出所有 Rmd 文件，然后排除以_ 开头的Rmd 文件。

基于此，renv:: 渲染 renv 目录内的 Rmd 文件的原因就很明显了。同样清楚的是，使用packrat:: 不会有任何区别。

解决这个问题的方法当然是使用自定义站点构建脚本，如 blogdown 文档中所述，但我仍然想知道默认方法是否不支持 blogdown 和 renv 的组合（假设其他人喜欢将每篇博文放在自己的 renv 项目中）。