igraph 绘制条件顶点颜色答案

【问题标题】：igraph plot conditional vertex colorigraph 绘制条件顶点颜色
【发布时间】：2012-10-19 06:38:54
【问题描述】：

我是 R 和 iGraph 的新手。我正在尝试使列位置 #1 中的顶点以特定颜色显示。

我的数据来自 CSV，如下所示：

CL1920  202.80  V66.7   198.89  511.9   799.02  401.9   696.1   388.01  202.80                                                                                                                               
RM119041 331.82 294.10                                                                                                                                                                                       
RM38755 331.82  294.10  276.0   331.0   294.10                                                                                                                   
HK54701 331.82  294.10  276.0   331.0   294.10  401.9   V10.51
....

我的情节脚本看起来像这样：

dat <- read.csv("data.csv", header =F)
g <- graph.data.frame(dat, directed = F)
colCount <- 1+ count.fields("dat.csv", sep = ",")
V(g)$label <- NA
set.seed(10)
par <- par()$mar; par(mar=rep(0, 4))
plot (g, layout = layout.fruchterman.reingold,
      vertex.frame.color = "#FFFFFF",
      vertex.size = 5,
      edge.width = 2.5+ (log(colCount)/max(log(colCount))),
      edge.color = "Grey60")

我尝试设置 vertex.color 失败。像这样的例子似乎默认为“浅蓝色”

 V(g)$color <- ifelse (V(g)$V1, "red", "blue")

有人能指出正确的方向吗？

【问题讨论】：

示例数据看起来很乱。它是一张桌子吗？
“不成功”是什么意思？ V(g)$V1 是什么？ vertex.color 的行为与vertex.frame.color 完全一样，所以如果你可以设置其中一个，你也可以设置另一个。
我认为数据是有效的。这是一个“集合列表”，行中的第一个元素是唯一的对象 ID，以下行项目是 0-n 个成员。 V(g)$V1 试图解决行的“第 1 列”（对象 ID）...我怀疑我的语法非常错误，因此我的 ifelse 语句被忽略了。我希望 ObjectID 顶点与成员的颜色不同。
我不确定您所说的“有效”是什么意思。 graph.data.frame() 通常用于表，其中前两列定义边缘。所以你的第一个优势是从'CL1920'到'202.80'？您的示例中也没有 V1 属性，并且您在代码中引用了它。同样，您的示例（代码、数据或两者）搞砸了。
博文中的样本数据代表数据集。是的，第一个边是 CL1920 到 202.80。第二个边缘是 CL1920 到 V66.7，依此类推。如果 CL1920 或 RM119041 或 RM38755 等，我想设置 vertex.color="red"。我不清楚如何为 g[[,1]] 分配一个 vertex.color，为 g[[,2:]] 分配另一个

标签： r colors conditional igraph vertex

【解决方案1】：

看来（来自 cmets）目标是根据顶点是否出现在 dat 数据框的第一列中来设置顶点颜色。这是一种方法：

V(g)$color <- ifelse(V(g)$name %in% dat[,1], "red", "blue")
plot(g)

【讨论】：

做到了，谢谢。现在看起来很明显......感谢您的耐心！