让 R 停止它正在运行的 EC2 机器答案

【问题标题】：have R halt the EC2 machine it's running on让 R 停止它正在运行的 EC2 机器
【发布时间】：2011-11-08 13:44:09
【问题描述】：

我有一些工作流程，我希望 R 在完成脚本后停止它正在运行的 Linux 机器。我可以想到两种类似的方法来做到这一点：

以root身份运行R，然后调用system("halt")
从根 shell 脚本运行 R（可以以任何用户身份运行 R 脚本）然后在 R 位完成后让 shell 脚本运行halt。

还有其他简单的方法吗？

这里的用例是针对在 AWS 上运行的脚本，我希望实例在脚本完成后停止，这样我就不会为作业运行后的机器时间付费。我用于数据分析的实例是一个 EBS 支持的实例，因此我不想终止它，只需暂停即可。从实例内部发出停止命令与从 AWS 控制台发出停止/挂起的效果相同。

【问题讨论】：

多么奇怪！我可以将我的一些代码发送给您，如果您能弄清楚如何使其stop 停止机器，我将非常高兴。 :)
您能否澄清几点：(1) 您使用的是 EBS 还是 S3 支持的实例？（如果使用 EBS，您打算终止还是停止实例？） (2) R 是如何使用的？以交互方式、通过脚本、通过这些 Hadoop 包之一、通过实例“用户数据”或其他方式？
sudo make sandwich 的出色扩展，甚至可以清理厨房。不错。

标签： r amazon-ec2 amazon-web-services

【解决方案1】：

AFAIK 你提到的那些方式是唯一的。在任何情况下，脚本都必须以 root 身份运行才能关闭机器（如果您找到一种无需 root 即可执行此操作的方法，这可能是一种利用）。您要求一种更简单的方法，但 system("halt") 只是脚本末尾的附加行。

【讨论】：

【解决方案2】：

我对它的工作印象深刻。（对于其他任何对实例可以自行停止感到惊讶的人，请参阅注释 1 和 2。）

您也可以尝试“sudo halt”，因为您不需要以 root 用户身份运行，只要运行 R 的用户帐户能够运行 sudo。这在 EC2 上的许多 AMI 上很常见。

注意什么构成了 R 退出的假设 - 信不信由你，可能会使 R 崩溃。最好有一个单独的脚本来监视 R pid，一旦该 PID 不再处于活动状态，就终止实例。在 R 内部执行此命令意味着如果 R 崩溃，它永远不会到达停止调用。如果您从另一个脚本中调用它，那也可能很危险。如果您对 Linux 非常了解，那么您正在寻找的是启动 R 时的 PID，您可以将其传递给另一个检查ps 的脚本，比如每 1 秒一次，然后在 PID 不再运行时终止实例。

我认为更好的解决方案是使用 EC2 API 工具（有关文档，请参阅：http://docs.amazonwebservices.com/AWSEC2/latest/APIReference/）来终止或停止实例。这两者之间存在差异，并且您的实例是支持 EBS 还是支持 S3 很重要。您无需以 root 身份运行即可终止实例 - 您拥有私钥和证书这一事实向 Amazon 表明您是 BOSS，远高于仅对您的实例具有 root 访问权限的 hoi polloi。

由于这些凭据可用于恶作剧，因此在从给定服务器运行 API 工具时要小心，您需要服务器上的证书和私钥。如果您遇到安全问题，这是一个坏主意。最好向主服务器发送消息并让它关闭实例。如果您在实例之间以任何方式设置了消息传递，这可以为您完成所有工作。

注意 1：Eric Hammond reports halt 只会暂停 EBS 实例，因此您仍然需要支付存储费。如果您碰巧启动了很多这样的实例，这可能会使事情变得混乱。您最初的问题似乎不清楚您是要终止还是停止实例。他还有其他好的建议on this page

注意 2：short thread on the EC2 developers forum 为 Linux 和 Windows 用户提供建议。

注意 3：EBS 实例按部分小时计费，即使重新启动也是如此。（请参阅this thread from the developer forum。）假设 R 进程不工作，自动挂起接近小时标记可能很有用，以防有人可能重新分配该实例的任务（即保存不重新启动）。其他需要考虑的有用工具：setTimeLimit 和 setSessionTimeLimit，以及各种检查点工具（我有一个 Q，mentions a couple）。如果代码可能表现不佳，使用自动终止很有用。

注 4：我最近了解到包 fun 中的 shutdown 命令。这是多平台。评论见this blog post，代码为here。危险的东西，但如果你想适应 Windows，它可能会很有用。不过我没试过。

更新 1。另外三个想法：

您可以将.Last() 和runLast = TRUE 用于q() 和quit()，这可能会关闭实例。
如果使用 littler 或通过 Rscript 调用脚本的脚本，则可以使用相同的命令行函数。
我今天最喜欢的包tcltk2 有一个简洁的计时器机制，称为tclTaskSchedule()，可用于安排表达式的执行。然后你可能会在每小时间隔过去之前疯狂地执行一些东西。

【讨论】：

不...暂停会停止实例。至少我的实例是这样配置的:)
请记住，我想“停止”而不是“终止”一个实例。我正在使用 EBS 支持的实例，所以我只想停止它以保留状态。如果我终止它，我将失去状态。
halt 应该可以解决问题，或者您可以使用ec2-stop-instances。我喜欢 Eric Hammond 通过at 命令提出的建议。

【解决方案3】：

system("echo 'rootpassword' | sudo halt")

但是，缺点是脚本中的 root 密码为纯文本。

【讨论】：

注意：如果 AMI 或帐户未设置密码，则可能没有 root 密码。这就是拥有 17 吨加密密钥的美妙之处，以及掌握私钥、证书、RSA、x.509 等的乐趣。
这是一个非常好的点迭代器。我用密码设置了我的分析实例，但这可能不需要这样。谢谢提醒。

【解决方案4】：

sudo 是一个选项——它允许您在不提示输入任何密码的情况下运行某些命令。只需在/etc/sudoers 中输入类似内容即可

<username> ALL=(ALL) PASSWD: ALL, NOPASSWD: /sbin/halt

（当然替换为运行 R 的用户的名称）和 system('sudo halt') 应该可以工作。

【讨论】：