系数和相关p.value的成对组合？

【问题标题】：pairwise combinations of coefficient and correlation p.value?系数和相关p.value的成对组合？
【发布时间】：2013-06-09 20:22:50
【问题描述】：

我想按列计算矩阵的系数和相关 p 值的成对组合。

这里我使用了两个函数：

allCoef<- function(Y,X) {  lm(Y~X+0)$coef }
allCorr.p<- function(Y,X) {  cor.test(Y,X)$p.value }

例如我有一个矩阵A：

A= matrix(sample(1:100,16),4,4)
apply(Y=A,2,allCoef,X=A)

工作正常。

apply(Y=A,2,allCorr.p,X=A)

但是，cor.test.default(Y, X) : 'x' and 'y' must have the same length 中显示错误。有人可以告诉我我在这里做错了什么吗？我使用的是相同的矩阵，所以列的长度应该是相同的。

【问题讨论】：

标签： r iteration combinations correlation

【解决方案1】：

您可以使用combn 函数生成所有列比较组合，然后使用cor.test 对A 的列组合应用此矩阵（假设A 在您的全局环境中可用）：

# All combinations of pairwise comparisons
cols <- t( combn(1:4,2) )
apply( cols , 1 , function(x) cor.test( A[,x[1] ] , A[ , x[2] ] )$p.value )
#[1] 0.9893876 0.9844555 0.5461623 0.7987615 0.7414658 0.1061751

combn 函数生成的列的成对组合是：

     [,1] [,2]
[1,]    1    2
[2,]    1    3
[3,]    1    4
[4,]    2    3
[5,]    2    4
[6,]    3    4

您的apply(Y=A,2,allCorr.p,X=A) 没有按预期工作，因为（尽管您不需要使用Y=A）您将整个矩阵作为第二个参数传递给您的函数，所以X 实际上具有所有列的长度在你的矩阵中。

【讨论】：