使用变量文件和路径命名查找循环答案

【问题标题】：Find loop with variable file and path naming使用变量文件和路径命名查找循环
【发布时间】：2018-09-17 16:35:56
【问题描述】：

我正在尝试做一个 bash 循环来对所有扩展名为 .sam 的文件运行一个简单的进程，这些文件可以在目录及其子目录中找到，并使用相同的名称（exc 扩展名）作为输出作为其输入，输出定向到找到输入的同一文件夹。

我得到了以下内容：

for file in $(find ~/data/finch_data/combruns_BF_genomes -name "*.sam" -type f); do 
    name="${file%.sam}"
    dir=$(pwd $file)
    samtools view -Sb "$dir"/"$name".sam > "$dir"/"$name".bam
done

但我收到了这条消息：

...
>bash:/home/madzays/qsub//home/madzays/data/finch_data/combruns_ZF_transcriptomes/ZBND81X_gff/filteredfirstZBND81X_gff.bam: No such file or directory
>bash:/home/madzays/qsub//home/madzays/data/finch_data/combruns_ZF_transcriptomes/ZBND81X_gff/filteredsecZBND81X_gff.bam: No such file or directory
>bash:/home/madzays/qsub//home/madzays/data/finch_data/combruns_ZF_transcriptomes/ZBND82V_gff/filteredfirstZBND82V_gff.bam: No such file or directory
...

可能出了什么问题？谢谢

【问题讨论】：

查看路径，包含/home/madzays/两次，应该是不正确的。
dir=$(pwd) 不是 dir=$(pwd $file)，但这不是这里的问题
我建议：samtools view -Sb "$name.sam" > ...（不带 $dir）
是的，这行得通。但为什么？我以为 find 只返回文件名，但它返回整个路径，直到文件名！

标签： bash shell loops find

【解决方案1】：

在我看来，namevariable 不包含您想要的内容。尝试使用 basename 获取名称

for file in $(find ~/data/finch_data/combruns_BF_genomes -name "*.sam" -type f); do name="$(basename $file .sam)" dir=$(pwd $file); samtools view -Sb "$dir"/"$name".sam > "$dir"/"$name".bam; done

【讨论】：

是的。 name 变量已经包含了整个路径，直到文件名。