如何在networkx中保留特定节点

Question

我目前正在学习我的大学专题。我的问题是我可以删除所有我不想要的节点，但我想保留一些特定的节点。这是我的做法。

1.将gml读入networkx

2.使用此代码删除我不想要的网站，然后将其写入新的 gml 文件

import networkx as nx
G = nx.read_gml('test.gml')
for i in range(2000):
    for node in G.nodes:
        if "pu.edu.tw" not in node:
            G.remove_node(node)
            break
nx.write_gml(G,"finaltest.gml")

3.你可以看到这个gml文件的一部分，我成功地保留了所有'pu.edu.tw'网站

graph [
directed 1
multigraph 1
node [
  id 0
  label "https://www.pu.edu.tw/"
]
node [
  id 1
  label "https://alumni.pu.edu.tw/"
]
node [
  id 2
  label "https://freshman.pu.edu.tw/"
]
node [
  id 3
  label "https://tdc.pu.edu.tw/"
]
node [
  id 4
  label "https://alcat.pu.edu.tw/"
]
node [
  id 5
  label "https://www.secretary.pu.edu.tw/"
]
node [
  id 6
  label "https://pugive.pu.edu.tw/"
]

4.问题是当我尝试用networkx绘制这个gml文件时，我得到了一些没有egdes的节点

5.我发现原因是我删除了与'pu.edu.tw'相关的链接，所以缺少一些egdes

我想知道如何不仅删除我不想要的网站并保留与“pu.edu.tw”相关的特定节点，这样边缘就不会丢失。或以某种方式重新连接节点。谢谢。

----------------------------------------------- ----------------------------------

更新一个新问题.... 如果我想添加多个条件，比如

def cleanup(g):
    g_aux = g.to_undirected()
        for node in g_aux.nodes:
            if ("tku.edu.tw"or"scu.edu.tw"or"cycu.edu.tw"or"fcu.edu.tw") not in node:
            for neighbor in g_aux.neighbors(node):
                if "tku.edu.tw"or"scu.edu.tw"or"cycu.edu.tw"or"fcu.edu.tw" in neighbor:
                    break
            else:
                g.remove_node(node)

这是正确的做法吗？

Answer 1

如果您只想维护来自每个孤立节点的一个连接，即与子图中“最近”节点的连接，您可以执行以下操作：创建子图后，遍历孤立节点并为每个节点执行 BFS算法在原始图上，当您找到标签为'pw.edu.tw' 的节点时停止，并将该节点的新边添加到子图中的孤立节点。使用 BFS，您可以保证找到具有所需属性的最近节点。

下面的代码应该可以解决问题：

import networkx as nx
from networkx.algorithms.traversal.breadth_first_search import bfs_edges

G = nx.read_gml('test.gml')

desired_nodes = [node for node in G.nodes if 'pu.edu.tw' in node]
subgraph = nx.Graph(G.subgraph(desired_nodes))

orphan_nodes = [node for node in subgraph.nodes if 
subgraph.degree[node] == 0]

for orphan in orphan_nodes:
    for _, neigh in bfs_edges(G, orphan):
        if 'pu.edu.tw' in neigh:
            subgraph.add_edge(neigh, orphan)
            break
            
nx.write_gml(subgraph,"finaltest.gml")

我还更改了从图中删除节点的方法 - 而不是您实现的双循环，我首先通过列表综合找到具有所需属性的节点，然后利用 networkx.Graph 中的 subgraph 方法 -它更干净，适用于任意数量的已删除节点（与您可能知道的循环相反）。这样就创建了一个新的图形对象，而不是从旧图形对象中删除边——这对于上面介绍的算法是必要的。

Answer 2

您可以做的一件事是保留其邻居名称中包含 "pu.edu.tw" 的每个节点。

这是完整的代码：

import networkx as nx

def cleanup(g):
    g_aux = g.to_undirected()
    for node in g_aux.nodes:
        if "pu.edu.tw" not in node:
            for neighbor in g_aux.neighbors(node):
                if "pu.edu.tw" in neighbor:
                    # Found
                    break
            else:
                # Didn't find pu.edu.tw in any neighbors
                g.remove_node(node)

G = nx.read_gml('test.gml')
cleanup(G)
nx.write_gml(G,"finaltest.gml")

得到的结果是每个具有"pu.edu.tw" 的节点及其邻居。
请注意，我使用了图形的无向版本g_aux = g.to_undirected()，使"pu.edu.tw" 的每个邻居都独立于连接边的方向。

这里有一些代码来检查任何pu.edu.tw 是否没有任何邻居：

def check_isolated(g):
    for node in g.nodes:
        if "pu.edu.tw" in node:
            if g.degree[node] == 0:
                print(node)

如果在运行 cleanup 之前输出任何内容，那么这些节点将始终被隔离。

print(“before”)
check_isolated(g)
print(“cleaning...”)
cleanup(g)
print(“after”)
check_isolated(g)

Answer 3

这是我想问的一个问题......

g_aux = g.to_undirected() 

为什么我必须使用g_aux 来运行这个程序？我不明白 NetworkX 中图形辅助的真正作用。