如何使用 R 包 depmix 模拟拟合 HMM 的随机状态？

Question

我对 R、HMM 和 depmix 还很陌生，如果这个问题太明显，我深表歉意。我安装了一个玩具模型，想模拟预定长度的随机序列。模拟功能似乎是要走的路。我的命令：

mod <- depmix(list(speeds~1,categ~1),data=my2Ddata,nstates=2,family=list(gaussian(),multinomial("identity")),instart=runif(2))
mod <- simulate(mod)
print(mod)

输出不是预期的（实际上输出与我在模拟命令之前打印 mod 时得到的完全相同）：

Initial state probabilties model 
pr1   pr2 
0.615 0.385 

Transition matrix 
   toS1 toS2
fromS1  0.5  0.5
fromS2  0.5  0.5

Response parameters 
Resp 1 : gaussian 
Resp 2 : multinomial 
   Re1.(Intercept) Re1.sd Re2.0 Re2.1
St1               0      1   0.5   0.5
St2               0      1   0.5   0.5

我期待从拟合分布中提取的 n 个随机状态序列（就像他们在这里说的第 41 页：https://cran.r-project.org/web/packages/depmixS4/depmixS4.pdf）

有什么提示吗？

Answer 1

mod@response[[1]][[1]]@y
mod@response[[1]][[2]]@y

将提供模拟的speeds 和categ。

mod@states

将提供模拟的隐藏状态。