我需要在此 python 代码中进行哪些更改才能将 DNA 序列转换为蛋白质？答案

【问题标题】：What changes do I need to make in this python code to convert DNA sequences to protein?我需要在此 python 代码中进行哪些更改才能将 DNA 序列转换为蛋白质？
【发布时间】：2021-03-10 18:31:29
【问题描述】：

我必须先找到密码子“ATG”，然后一旦找到密码子，它就应该使用字典进行翻译。我目前没有输出。我在 python 方面仍然缺乏经验，所以无法用正确的语法编写代码

def translate(line, table):
    protein = ""
    for i in range (0, len(line), 3):
        codon = line[i:i+3]
        protein += table[codon]
        print(protein)
    return protein

def find_start(sequence):
    for line in sequence:
        if line == "ATG":
            translate(line)
            return 

table = { 
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 
        'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T', 
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 
        'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',                  
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 
        'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P', 
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 
        'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R', 
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 
        'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A', 
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 
        'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G', 
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 
        'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L', 
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_', 
        'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W', 
    } 


sequence = "ggatcatagtcttgttgcattgtaggtgtttctttacagtatccttcttaatgaatcatgattatgttctaagtagaccagatcgattcttacgactacaatattttcttttgagccatcatagattttttttagtttcaaaccagccttgcattgtgttctcctcgatgatgtgttacggattctaggattactagctaacctttctgtatttctaccctccattgaacaatttaac"

sequence = sequence.upper()


find_start(sequence)

【问题讨论】：

当您执行for line in sequence 时，您实际上是按字符而不是按行进行迭代。因此，if line == "ATG" 条件永远不会满足
不确定你在这里使用什么逻辑。如果我们有ggat作为DNA序列，是否意味着它由2个密码子组成：gga和gat？
好问题。但是，如果程序首先找到 ATG，那么我认为这并不重要。我认为第一步是实际将字符串分成三个。所以它会像 gga、tca 等。不知道该怎么做？

标签： python bioinformatics protein-database

【解决方案1】：

我仍然不是 100% 你想要达到的目标，但希望它有所帮助

for i in range(sequence.find("ATG"), len(sequence) - 2):
    possible_codon = sequence[i:i + 3]
    if possible_codon not in table:
        continue
    print(f"key: {possible_codon}, val: {table[possible_codon]}")

【讨论】：

【解决方案2】：

将您的查找开始功能更新为

def find_start(sequence):
    # index = sequence.find('ATG')    # if yow want start index of codon
    if ('ATG' in sequence):
        # do some thing

【讨论】：