可视化 CLARA 集群中心/中心点

Question

我使用 fviz_cluster (ggplot2) 可视化了我的 CLARA 结果，我希望每个集群的中心点比其他数据点更突出（比如改变它们的形状或颜色等）。问题是，我有超过 800,000 个数据点，仅通过“show.clust.cent”是不可能看到的。

我怎样才能用不同的颜色为中心点着色，使它们比其他数据点大得多，或者使除了中心点之外的其他数据点不可见？我也尝试使用 star.plot 但不知何故它不起作用。

我知道 medoids 的行号，想手动添加，但我也不知道如何将它集成到 fviz_cluster。

谁能帮我解决这个问题？谢谢！

fviz_cluster(clara.res,
         palette = c("#004c6d",
                     "#00ffff",
                     "#00a1c1",
                     "#6efa75",
                     "#78ab63",
                     "#cc0089",
                     "#ffc334",
                     "#ff9509",
                     "#ffb6de",
                     "#00cfe3"
                      ), # color palette
         ellipse.type = "t",geom = "point",show.clust.cent = TRUE,repel = TRUE,pointsize = 0.5,
         ggtheme = theme_classic()

Answer 1

这对你来说可以吗？

library(tidyverse)

fpoint = function(n) tibble(
  Dlm1 = rnorm(n, sample(-20:20,1), sample(1:5,1)),
  Dlm2 = rnorm(n, sample(-20:20,1), sample(1:5,1))
)

df = tibble(cluster = paste(1:10)) %>% 
  mutate(data = map(cluster, ~fpoint(1000))) %>% 
  unnest(data)

df %>% ggplot(aes(Dlm1, Dlm2, color=cluster))+
  geom_point(alpha = 0.2, pch=21)+
  stat_ellipse(size=0.7)

将数据写入tibble并使用标准ggplot。

更新 1

library(factoextra)
library(cluster)
df = USArrests %>%  na.omit() %>% scale()
kmed = pam(df, k = 4)
fviz_cluster(kmed, data = df, alpha=0.3, geom = "point", show.clust.cent = TRUE,repel = TRUE, pointsize = 2)

这就是重点吗？