根据 R 中数据帧的列数为树状图的末端分支（或叶子）着色答案

【问题标题】：Coloring dendrogram’s end branches (or leaves) based on column number of data frame in R根据 R 中数据帧的列数为树状图的末端分支（或叶子）着色
【发布时间】：2015-07-15 17:32:42
【问题描述】：

从数据框data.main，我能够生成一个hclust 树状图，

aa1<- c(2,4,6,8)
bb1<- c(1,3,7,11)
aa2<-c(3,6,9,12)
bb2<-c(3,5,7,9)
data.main<- data.frame(aa1,bb1,aa2,bb2)
d1<-dist(t(data.main))
hcl1<- hclust(d1)
plot(hcl1)

此外，我知道有很多方法可以使用树木截断来为树枝或树叶着色。但是，是否可以根据部分列名或列号为它们着色（例如，我希望与 aa1、aa2 对应的分支为红色，bb1 和 bb2 为蓝色）？

我已经检查了 R 包 dendextend，但仍然无法找到直接/简单的方法来获得所需的结果。

【问题讨论】：

请在示例输入数据中包含reproducible example，并描述您希望输出对于该特定数据的外观。这将使您更容易为您提供帮助。
我已经编辑了这个问题，希望现在更清楚。
@MrFlick，很抱歉造成混淆。在之前的编辑中，虽然我提到“我希望与 aa1、aa2 对应的分支为红色，而 bb1 和 bb2 为蓝色”，但我没有提供正确的数字。

标签： r colors dataframe dendrogram dendextend

【解决方案1】：

更新

我只留下我的答案，因为它是有效的，有人可能会发现 OOMPA 很有用。但是，在看到solution of using dendrapply as suggested by MrFlick 之后，我推荐它。您可能会发现 OOMPA 包的其他功能很有用，但我不会仅仅为了核心 R 中已经存在的功能而安装它。

原答案

安装OOMPA（面向对象的微阵列和蛋白质组学分析包）：

source("http://silicovore.com/OOMPA/oompaLite.R")
oompaLite()

然后使用库ClassDiscovery中的plotColoredClusters函数：

library(ClassDiscovery)
aa1<- c(2,4,6,8)
bb1<- c(1,3,7,11)
aa2<-c(3,6,9,12)
bb2<-c(3,5,7,9)
data.main<- data.frame(aa1,bb1,aa2,bb2)
d1<-dist(t(data.main))
hcl1<- hclust(d1)

#identify the labels
labels=hcl1[4]$labels

# Choose which ones are in the "aa" group
aa_present <- grepl("aa", labels)

colors <- ifelse(aa_present, "red", "blue")

plotColoredClusters(hcl1,labs=labels,cols=colors)

结果：

【讨论】：

感谢您的回复。但是，当我尝试安装 OOMPA 时，似乎没有什么问题。 1. 可能OOMPA 服务器已关闭。 install.packages 中的警告：无法打开：HTTP 状态为 '404 Not Found' install.packages 中的警告：无法访问存储库 rforge.net/bin/macosx/mavericks/contrib/3.1 包的索引 2. 'oompaBase' 不可用（对于R 版本 3.1.2)。此外，我的首要任务是获得彩色分支（不仅仅是标签）。这是因为我有大约 500 个标签会重叠，所以我想跳过标签而只选择分支。
如果您对使用 OOMPA 感兴趣，您可能想稍后尝试。我也有 R 版本 3.1.2。看到你的问题后，我刚刚在 Linux (CentOS 6) 上安装了 OOMPA。
好吧，我在 macOS 上使用 R。我又试了一次，但仍然有这些警告。 警告：无法访问存储库silicovore.com/OOMPA/bin/macosx/mavericks/contrib/3.1的索引 警告：无法访问存储库R-Forge.R-project.org/bin/macosx/mavericks/contrib/3.1的索引 警告：无法访问存储库rforge.net/bin/macosx/mavericks/contrib/3.1的索引 警告消息：包 'oompaBase'、'oompaData'、'PreProcess'、'ClassDiscovery'、'ClassComparison' 不可用（对于 R 版本 3.1.2） ps。我确信我的网速很棒！
对于目前的问题，我建议按照 MrFlick 在他的回答中建议的那样做，并使用 dendrapply 函数（R 已经自带）。
如果您真的想安装 OOMPA 并且无法安装，那么我建议将该问题作为单独的问题发布。

【解决方案2】：

更改树状图的颜色比更改 hclust 对象更容易，但转换起来非常简单。你可以这样做

drg1 <- dendrapply(as.dendrogram(hcl1, hang=.1), function(n){
  if(is.leaf(n)){
    labelCol <- c(a="red", b="blue")[substr(attr(n,"label"),1,1)];
    attr(n, "nodePar") <- list(pch = NA, lab.col = labelCol);
    attr(n, "edgePar") <- list(col = labelCol); # to color branch as well
  }
  n;
});
plot(drg1)

哪个会画

【讨论】：

可以用颜色代替标签吗？（根据已编辑问题的要求）
是的，但现在我必须做一些额外的工作才能做到这一点。问题得到解答后最好不要更改。
@MrFlick 在我的机器上工作，它已经在 R 中可用（来自 stats 包）。非常好。
请看下面的assign_values_to_leaves_edgePar函数。

【解决方案3】：

ice，dendextend 包允许使用assign_values_to_leaves_edgePar 函数来执行此操作。

这里是如何使用它：

aa1 <- c(2,4,6,8)
bb1 <- c(1,3,7,11)
aa2 <- c(3,6,9,12)
bb2 <- c(3,5,7,9)
data.main <- data.frame(aa1,bb1,aa2,bb2)
d1 <- dist(t(data.main))
hcl1 <- hclust(d1)
# plot(hcl1)

dend <- as.dendrogram(hcl1)
col_aa_red <- ifelse(grepl("aa", labels(dend)), "red", "blue")
dend2 <- assign_values_to_leaves_edgePar(dend=dend, value = col_aa_red, edgePar = "col")
plot(dend2)

结果：

【讨论】：