树状图边缘（分支）颜色匹配尖端（叶子）颜色（猿包）答案

【问题标题】：Dendrogram edge (branch) colors to match tip (leaf) colors (ape package)树状图边缘（分支）颜色匹配尖端（叶子）颜色（猿包）
【发布时间】：2015-12-02 23:30:14
【问题描述】：

我正在尝试使用 ape 包中的 plot.phylo 命令为 R 中系统发育类型图的边缘（线）添加颜色。此示例适用于“扇形”类型图，但我希望该方法与“系统图类型”或其他类型相同。

library('ape')
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(as.phylo(hc), type="fan")

tip.color 选项结合 cutree 命令可以根据一组组为提示（标签）添加颜色。

hc.cuts <- cutree(hc, k=5)
plot(as.phylo(hc), type="fan", tip.color=rainbow(5)[hc.cuts])

edge.color 选项定义边缘的颜色，但在需要多种颜色时不以登录方式。

plot(as.phylo(hc), type="fan", tip.color=rainbow(5)[hc.cuts], edge.color=rainbow(5)[hc.cuts])

但是，一旦树状图的该分支用于给定组，我希望边缘与终端尖端颜色匹配。在给定的示例中，对于红色和蓝色组，第一级边缘将保持黑色（因为它朝向两个组：红色和蓝色），但超出此范围的边缘将与最终的尖端颜色相同。

我怀疑关键在于找出 as.phylo 对象中 $edge 值的顺序，但我自己无法弄清楚。谢谢。

【问题讨论】：

如果您不太可能得到满意的答案，我想让您知道还有dendextend 包和ggdendro 包，可能是其中之一这两个可以帮助你。它们也都很新。
嗨 Maj，Andrie 的 ggdendro 是第一个帮助在 ggplot2 中绘制树状图的软件包。它的局限性在于它没有考虑树的分支/节点/叶子的各种图形参数。 dendextend 有一个名为“as.ggdend”的函数（它实际上是 ggdendro 的一个分支），它确实考虑了树的更多图形参数。您可以在这里查看更多信息：cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/…

标签： r dendrogram phylogeny dendextend

【解决方案1】：

正如@maj 在评论中建议的那样，如果您不介意使用该软件包，dendextend 可以为您提供帮助。它非常灵活，并且有大量的文档和插图。

这是一个从dendextend FAQ 改编的示例。

# install.packages("dendextend")
# install.packages("circlize")

library(dendextend)
library(circlize)

hc <- hclust(dist(USArrests))
dend <- as.dendrogram(hc)

num_clades <- 5

dend <- dend %>% 
  color_branches(k=num_clades, col=rainbow) %>% 
  color_labels(k=num_clades, col=rainbow)

par(mar = rep(0, 4))
circlize_dendrogram(dend, dend_track_height = 0.8)

输出

【讨论】：

正是我想要的，谢谢。我不知道“dendextend”包。可爱！