使用“ComplexHeatmap”包的热图树状图答案

【问题标题】：Heatmap dendrogram using "ComplexHeatmap" package使用“ComplexHeatmap”包的热图树状图
【发布时间】：2017-12-07 05:05:35
【问题描述】：

我正在使用“ComplexHeatmap”包来创建矩阵中相关性的热图。我想对热图的树状图使用我自己的聚类，所以我运行以下代码：

library(ComplexHeatmap);
mat = matrix(rnorm(800),80,10);
cor.mat= cor(mat)
dist.mat = (1-cor.mat)/2;
rowdist = dist(as.matrix(dist.mat), method = "euclidean")
rowcluster = hclust(rowdist, method = "ward.D2")
coldist = dist(t(as.matrix(dist.mat)), method = "euclidean")
colcluster = hclust(coldist, method = "ward.D2")
par(mfrow=c(1,2));plot(rowcluster);plot(colcluster);
Heatmap(cor.mat ,cluster_rows=rowcluster, cluster_columns=colcluster)

问题是，尽管集群对象是相同的，但我在行和列上得到了不同的集群（不对称）。即使我将热图函数传递给行和列的完全相同的对象，它仍然会为行和列显示不同的顺序。如果我只是创建树状图，即 plot(rowcluster) 或 plot(colcluster) 它们是相同的。

我想获得一个对称的热图。知道为什么会这样吗？谢谢

【问题讨论】：

标签： cluster-analysis heatmap dendrogram

【解决方案1】：

使用 rowclust=colclust。

无需转置。

但请注意，您已经有一个距离矩阵，所以“欧几里得”是错误的。您正在计算距离矩阵的距离矩阵！

【讨论】：