ggplot2 和 ggdendro - 在节点叶子下绘制颜色条答案

【问题标题】：ggplot2 and ggdendro - plotting color bars under the node leavesggplot2 和 ggdendro - 在节点叶子下绘制颜色条
【发布时间】：2013-11-24 10:56:03
【问题描述】：

目前我正在使用ggplot2 和ggdendro 绘制树状图。但是现在我需要在叶子下绘制一个离散变量以及标签。

例如，在一篇出版物（Zhang et al., 2006）中，我看到了这样的树状图（注意叶子标签下的颜色条）：

我有兴趣使用我已经分箱的数据对 ggdendro + ggplot2 做同样的事情。这可能吗？

【问题讨论】：

标签： r plot ggplot2 ggdendro

【解决方案1】：

首先，您需要为彩条制作数据框。例如，我使用数据USArrests - 使用hclust() 函数进行聚类并保存对象。然后使用此聚类对象使用函数cutree() 将其划分为簇并保存为列簇。列states 包含聚类对象hc 的标签，该对象的级别与hc 的输出中的顺序相同。

library(ggdendro)
library(ggplot2)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
df2<-data.frame(cluster=cutree(hc,6),states=factor(hc$labels,levels=hc$labels[hc$order]))
head(df2)
           cluster     states
Alabama          1    Alabama
Alaska           1     Alaska
Arizona          1    Arizona
Arkansas         2   Arkansas
California       1 California
Colorado         2   Colorado

现在将两个图另存为对象 - 使用 geom_tile() 制作的树状图和颜色条，使用 states 作为 x 值，cluster 数字作为颜色。格式化完成以删除所有轴。

p1<-ggdendrogram(hc, rotate=FALSE)


p2<-ggplot(df2,aes(states,y=1,fill=factor(cluster)))+geom_tile()+
  scale_y_continuous(expand=c(0,0))+
  theme(axis.title=element_blank(),
        axis.ticks=element_blank(),
        axis.text=element_blank(),
        legend.position="none")

现在您可以使用@Baptiste 对this question 的回答来对齐两个图。

library(gridExtra)

gp1<-ggplotGrob(p1)
gp2<-ggplotGrob(p2)  

maxWidth = grid::unit.pmax(gp1$widths[2:5], gp2$widths[2:5])
gp1$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
gp2$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)

grid.arrange(gp1, gp2, ncol=1,heights=c(4/5,1/5))

【讨论】：