限制R ggplot2中的x轴后如何自动重新计算y轴刻度

Question

我正在使用 ggplot2 从大量数据帧中绘制一些光谱数据。我想将图表限制为 400 到 900 nm 之间的波长。我知道如何使用 scale_x_continuous() 或 xlim() 设置 x 轴限制。问题是，在我完成此操作后，y 轴不会自动重新调整为显示的最小/最大值。我不想手动设置它，因为我的循环处理的每个数据帧都有不同的范围。

summary 是我的数据框列表，然后这段代码给了我一个绘图列表，没有调整轴：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    geom_line(aes(color=Sample)) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

这给了我： Plot without axis adjustment

如果我像这样将 x 轴调整为 400 - 900：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    scale_x_continuous(name="Wavelength (nm)", limits=c(400, 900), expand=c(0,0)) +
    geom_line(aes(color=Sample), na.rm=TRUE) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5, na.rm=TRUE) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

然后我得到这个图，x 轴正确，但是 y 轴的比例现在对于显示的数据来说太大了： Plot with correct x-axis, but wrong y-axis

如何将 y 轴自动调整到适当的最小值/最大值，但只能在 x 轴的 400-900 nm 范围内？

Answer 1

这是一个可能的解决方案。但是，由于我无权访问您的数据，因此无法测试它是否真的有效。

您可以在构建绘图之前定义波长范围的最大平均值，然后在 ylim 函数中调用该值。

我添加的两行是：

 y_scale <- max(summary[[i]]$average[summary[[i]]$Wavelength >= 400 & summary[[i]]$Wavelength <= 900])

和，

ylim(0, (y_scale + 0.5))+

最终的代码如下所示：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  y_scale <- max(summary[[i]]$average[summary[[i]]$Wavelength >= 400 &   summary[[i]]$Wavelength <= 900])
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    scale_x_continuous(name="Wavelength (nm)", limits=c(400, 900), expand=c(0,0)) +
    ylim(0, (y_scale + 0.5))+
    geom_line(aes(color=Sample), na.rm=TRUE) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5, na.rm=TRUE) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

希望这会有所帮助！