GNU 并行有两个参数

Question

我有一个 C-shell 脚本，其中有一个名为 $hosts_string 的变量，形式为：

host1,host2,...,hostN

我还有一个名为$chrs_string 的变量，形式为：

chr1,chr2,...,chrM

我还有一个名为 $inputFn 的变量，它指定了我需要处理的文本文件。

我想做的是让每个主机对$chrs_string 的每个成员运行一个名为doStuff 的命令，将$inputFn 作为输入文件名参数。

我尝试了以下方法：

parallel -S $hosts_string 'doStuff {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

如果这可行，这应该创建文件chr1 到chrM 作为命令doStuff 的输出，但我什么也没得到。并行完成且未发出错误，但没有输出。

如果我不使用parallel，命令本身可以正常工作，所以不是命令，而是我如何为parallel 指定参数。

为了确认这一点，我尝试了以下方法：

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

如果 this 可以工作，并且$inputFn 是（例如）/foo/bar，那么我会（例如）获得一个名为 chr1 的文件，其中包含以下字符串：

chr1 /foo/bar

如何调整我的parallel 命令，以便它正确循环$chrs_string 和$inputFn 的每个组合？

Answer 1

你很接近。你只是忘了 ::: 和 :::: 不一样

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} :::: {$inputFn}

如果您只想要 echo 中的文件名，您只需这样做：

parallel -S $hosts_string echo '{1}' {$inputFn} '> {1}' ::: {$chrs_string}