安装ROOT后无法编译xps，缺少库

Question

我正在尝试在 R 中安装 xps，并已从 CERN 安装了ROOT。

在编译期间我得到：

TMLMath.cxx:51:19: 致命错误: TMath.h: 没有这样的文件或目录

 #include "TMath.h"
                   ^
编译终止。
make: *** [TMLMath.o] 错误 1
错误：包“xps”的编译失败

我尝试手动添加这个文件，然后需要另一个，然后另一个，...直到错误不仅仅是缺少文件，而是重新定义了东西（请参阅notes here），然后再次编译失败。

我的 ROOT 详细信息是：

版本 5.34/14 2013 年 12 月 16 日 ROOT 5.34/14 (heads/v5-34-00-patches@v5-34-13-131-gd110ad3, Jan 07 2014, 00:12:00 on linuxx8664gcc) CINT/ROOT C/C++ 解释器版本 5.18.00，2010 年 7 月 2 日 根在哪里 根目录：/usr/bin/root /usr/bin/root.exe /etc/root /usr/bin/X11/root /usr/bin/X11/root.exe /usr/include/root /usr/share/root /usr/share/man/man1/root.1.gz

我尝试在新下载的root 版本上make uninstall，但令人担忧的是它什么也没做（我删除了我最初make'd 的文件夹）

我猜我所拥有的 ROOT 版本可能缺少其中一些，因为 xps 依赖于旧版本的 ROOT？然而，手册显示了一个最近的日期，所以它不像是被忽视的软件（如果我理解正确的话）......

ROOT 安装正常，all prerequisites I could find 已安装：

sudo apt-get install build-essential dpkg-dev make g++ gcc binutils libx11-dev libxpm-dev libxft-dev libxext-dev gfortran libssl-dev libpcre3-dev libglu1-mesa-dev libglew-dev libftgl-dev libmysqlclient- dev libfftw3-dev libcfitsio3-dev graphviz-dev libavahi-compat-libdnssd-dev libldap2-dev python-dev libxml2-dev libkrb5-dev libgsl0-dev libqt4-dev xfs xfstt t1-xfree86-nonfree ttf-xfree86-nonfree ttf-xfree86 -nonfree-syriac xfonts-75dpi xfonts-100dpi

任何帮助都将不胜感激，如果我应该提供有关我的系统的更多详细信息，请告诉我。

Bioconductor 安装的完整输出：

> biocLite('xps')
BioC_mirror：http://bioconductor.org
使用 Bioconductor 3.0 版（BiocInstaller 1.16.1），R 3.1.2 版。
安装包'xps'
尝试 URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/xps_1.26.0.tar.gz'
内容类型 'application/x-gzip' 长度 6669399 字节 (6.4 Mb)
打开网址
====================================================
下载 6.4 Mb

* 安装 *source* 包 ‘xps’ ...
检查 gcc... gcc -std=gnu99
检查 C 编译器默认输出文件名... a.out
检查 C 编译器是否工作......是的
检查我们是否在交叉编译...否
检查可执行文件的后缀...
检查目标文件的后缀... o
检查我们是否正在使用 GNU C 编译器...是的
检查 gcc -std=gnu99 是否接受 -g... 是
检查 gcc -std=gnu99 选项以接受 ANSI C...不需要
检查如何运行 C 预处理器... gcc -std=gnu99 -E
检查 gcc...（缓存） gcc -std=gnu99
检查我们是否正在使用 GNU C 编译器...（缓存）是
检查 gcc -std=gnu99 是否接受 -g...（缓存）是
检查 gcc -std=gnu99 选项以接受 ANSI C...（缓存）不需要
在目录 /usr 中找到 ROOT 版本 5.34/14
** 库
** 拱门 -
g++ -I/usr//include -O2 -Wall -fPIC -pthread -m64 -I/usr/include/root -c TMLMath.cxx
TMLMath.cxx:51:19：致命错误：TMath.h：没有这样的文件或目录
 #include "TMath.h"
                   ^
编译终止。
make: *** [TMLMath.o] 错误 1
错误：包“xps”的编译失败
* 删除‘/home/louis/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xps’

下载的源码包在
    '/tmp/RtmpZVOLbW/downloaded_pa​​ckages'
警告信息：
在 install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) ：
  软件包“xps”的安装具有非零退出状态

编辑：我在运行 R 之前关注了 ROOTSYS 变量的变化：

导出 ROOTSYS=/usr/ 导出“PATH=$ROOTSYS/bin:$PATH”

我最初使用的是ROOTSYS=/usr/include/root，这是我找到带有whereis root 的程序的地方。然而，这会产生一个不同的错误 - /usr/bin/root/include not a directory。因此使用ROOTSYS=/usr ...

> 来源（“http://bioconductor.org/biocLite.R”） Bioconductor 版本 3.0 (BiocInstaller 1.16.1), ?biocLite 寻求帮助 > biocLite('xps') BioC_mirror：http://bioconductor.org 使用 Bioconductor 3.0 版（BiocInstaller 1.16.1），R 3.1.2 版。 安装包'xps' 尝试 URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/xps_1.26.0.tar.gz' 内容类型 'application/x-gzip' 长度 6669399 字节 (6.4 Mb) 打开网址 ==================================================== 下载 6.4 Mb * 安装 *source* 包 ‘xps’ ... 检查 gcc... gcc -std=gnu99 检查 C 编译器默认输出文件名... a.out 检查 C 编译器是否工作......是的 检查我们是否在交叉编译...否 检查可执行文件的后缀... 检查目标文件的后缀... o 检查我们是否正在使用 GNU C 编译器...是的 检查 gcc -std=gnu99 是否接受 -g... 是 检查 gcc -std=gnu99 选项以接受 ANSI C...不需要 检查如何运行 C 预处理器... gcc -std=gnu99 -E 检查 gcc...（缓存） gcc -std=gnu99 检查我们是否正在使用 GNU C 编译器...（缓存）是 检查 gcc -std=gnu99 是否接受 -g...（缓存）是 检查 gcc -std=gnu99 选项以接受 ANSI C...（缓存）不需要 在目录 /usr 中找到 ROOT 版本 5.34/14 ** 库 ** 拱门 - g++ -I/usr/bin/root/include -O2 -Wall -fPIC -pthread -m64 -I/usr/include/root -c TMLMath.cxx cc1plus：错误：/usr/bin/root/include：不是目录 make: *** [TMLMath.o] 错误 1 错误：包“xps”的编译失败 * 删除‘/home/louis/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xps’ 下载的源码包在 '/tmp/Rtmpc9EO9W/downloaded_pa​​ckages' 警告信息： 1：在 install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) 中： 软件包“xps”的安装具有非零退出状态 2：安装目录不可写，无法更新包'maptools'

Answer 1

正如上面的 cmets 中所指出的，ROOT 没有正确安装 - 我刚刚与有同样问题的人联系，认为它没有解决（我在解决方案 here 上留下了笔记，而不是在这个问题上）。我知道这样。政策是包含修复而不是链接，所以我将它粘贴在以下部分分隔符下方。我猜我会说使用 v5.34.24 而不是生产的建议仍然适用（也许它会在某处指定，或者有人可以再次联系维护者）。 [我删除了关于手动修复无效的部分]

---

先决条件

（通过Elena Graverini's blog）

先决条件：

sudo apt-get install build-essential git subversion dpkg-dev make g++ gcc binutils libx11-dev libxpm-dev libxft-dev libxext-dev

可选（推荐）先决条件：

sudo apt-get install gfortran libssl-dev libpcre3-dev libglu1-mesa-dev libglew-dev libftgl-dev libmysqlclient-dev libfftw3-dev libcfitsio3-dev graphviz-dev libavahi-compat-libdnssd-dev libldap2-dev python-dev libxml2-dev libkrb5-dev libgsl0-dev libqt4-dev

为ROOT安装字体服务器和字体：

sudo apt-get install xfs xfstt sudo apt-get install t1-xfree86-nonfree ttf-xfree86-nonfree ttf-xfree86-nonfree-syriac xfonts-75dpi xfonts-100dpi

安装

• 在root.cern.ch找到专业（生产）版本号
  • xps 的开发者建议 2015 年 2 月 4 日为 5.34.24
• 在ftp://root.cern.ch/root/root_v5.34.24.source.tar.gz 获取source.tar.gz 文件
• 不要安装在/usr/ 目录（xps 开发人员通过电子邮件提供建议），因为许多可用指南建议

gzip -dc root_v5.34.24.source.tar.gz |焦油 -xf - MV根~ cd ~/根 ./configure --all 使-j N

其中 N 是您机器上的 CPU 内核数 (cat /proc/cpuinfo | grep 'cpu cores')

• 对于 Ubuntu 14.04 运行： sudo mkdir /usr/include/freetype && sudo cp /usr/include/freetype2/freetype.h /usr/include/freetype/freetype.h
  • 如果你要卸载，别忘了把它也拿出来

删除 Ubuntu 的 ROOT 版本可解决 make 中的 ld 错误

sudo apt-get purge root-system root-system-bin root-system-common export ROOTSYS=/home/louis/root

使用配置重新运行 make 为 ./configure --prefix=/home/louis/ 有效

• 我认为前缀标志相当于在make之前设置ROOTSYS变量（我使用了多个指南，忘记设置它，但无论如何它都有效）
• CERN ROOT installation from source page 指出 make install 是“NOOP”...但除非您在 make 之后运行它，否则不会安装它，所以无论如何都要这样做

最后一步是将 $ROOTSYS/bin 添加到 PATH - 将 source ~/bin/thisroot.sh 添加到您的 ~/.bashrc（假设您的 .bashrc 已经在新终端中获取）

• 对我来说，ROOTSYS 现在设置在 shell 中。 The xps README 建议您设置它，但 PATH 不是，所以我继续将以下内容添加到我的 .bashrc：

导出 PATH=$ROOTSYS/bin:$PATH 导出 LD_LIBRARY_PATH=$ROOTSYS/lib:$LD_LIBRARY_PATH

ROOT 现在应该可以运行了，并且能够编译xps...

• 出于某种原因，LD_LIBRARY_PATH 没有设置，但 PATH 设置了...？ .bashrc 否则一切都按预期工作

cd $ROOTSYS/tutorials`
根
根 [0] .x 演示.C

如果没有出现错误，ROOT 正在工作。

安装xps

我预计 biocLite('xps') 会失败，因为二进制文件是使用 ROOT v.5.34.05 创建的...但是维护者推荐 v5.34.24，所以还是尝试一下吧：

来源（“http://bioconductor.org/biocLite.R”） biocLite（“xps”）

它有效:-)

• 也可以通过运行R CMD INSTALL xps_1.26.0.tar.gz从源代码下载并绕过Bioconductor
• RootTalk 论坛（包括 ROOT Support 论坛）：https://root.cern.ch/phpBB3/