在 R 中捕获管道退出状态答案

【问题标题】：capturing pipe exit status in R在 R 中捕获管道退出状态
【发布时间】：2012-10-15 23:28:25
【问题描述】：

我正在使用 R 的 pipe() 函数来捕获 shell 命令的输出，但我也想从命令中获取退出代码。

我知道我可以在这里使用system2，但我需要管道的优势，即以流方式处理输出的能力。

我正在考虑编写自己的库来包装 popen() 和 pclose() C 函数，以利用 pclose() 返回退出状态这一事实，但也许可以避免这种情况。

有什么建议吗？谢谢！

注意

当然有一些方法可以使用临时文件、命名管道等，但我最好避免使用这些变通方法。我愿意编译一个包含 R->C 函数的共享库（我什至愿意复制粘贴部分 R 源代码），但我不愿意重建 R。

更新

我开始阅读 R 源代码，发现未选中的 pclose 调用：

在src/main/connections.c:

static void pipe_close(Rconnection con)
{
    pclose(((Rfileconn)(con->private))->fp);
    con->isopen = FALSE;
}

我尝试继续使用实现R_pclose C 函数的方法，该函数复制close() 的R 代码但保存此返回值。不幸的是，我在src/main/connections.c

中遇到了这个静态变量

static Rconnection Connections[NCONNECTIONS];

因为无论如何我都必须运行objcopy --globalize-symbol=Connections libR.so /path/to/my/libR.so 才能访问该变量，看来我最好的解决方案是用我自己的补丁重建 R 以捕获 pclose 返回值。

【问题讨论】：

您可以使用命名管道（又名 fifo）来使用带有 system2 的流处理，但这意味着将 wait=FALSE 传递给该函数，因此您仍然不会获得退出状态.

【解决方案1】：

丑陋的 hack：您可以将命令调用包装到一个小的 shell 脚本中，该脚本将其子级的退出代码写入某个临时文件。因此，当流结束时，您可以等到该文件具有非零大小，然后从那里读取状态。我希望有人提出更好的解决方案，但至少这是一种解决方案。

【讨论】：