将标准输入管道连接到 R答案

【问题标题】：Piping stdin to R将标准输入管道连接到 R
【发布时间】：2012-03-11 08:28:34
【问题描述】：

我在将标准输入传送到 R 脚本时遇到问题。

这是我的玩具脚本test.R：

#!/usr/bin/env Rscript
while(length(line <- readLines('stdin', n=1, warn=FALSE)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

我想遍历每一行并进行一些处理。这是我的输入文件，名为input：

aaaaaa
bbbbbb
cccccc
dddddd
eeeeee
ffffff

如果我这样做

cat input | test.R

我只得到：

aaaaaa

我有什么遗漏的吗？

【问题讨论】：

标签： r shell pipe

【解决方案1】：

这是我最简单的found（假设输入数字）：

x <- scan(file("stdin"))

您可以使用以下方法对其进行测试：

$ echo -e "1\n2\n3" | R -s -e 'x <- scan(file("stdin")); summary(x)'
Read 3 items
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
    1.0     1.5     2.0     2.0     2.5     3.0

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您显式打开标准输入连接，则不会发生这种情况。

#!/usr/bin/env Rscript
f <- file("stdin")
open(f)
while(length(line <- readLines(f,n=1)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

【讨论】：

最后需要关闭文件吗？
如果你想让 R 做更典型的“unix-y”事情并等待来自标准输入的输入（所以答案中的代码的行为类似于在没有参数的情况下运行 cat）那么你需要使用open(f, blocking=TRUE)。
对于喜欢= 而不是<- 的人（比如我）也有一个提示：<- 不能在length(line <- readLines(f, n=1) 中被= 替换。
@dshepherd，答案（file("stdin")）中的方法默认是阻塞的。至少，file 的帮助页面有一个参数block = TRUE
我想这有点离题了，但是如果你有一个名为stdin 的实际文件怎么办。您是否必须执行file("./stdin") 或类似的操作才能访问它？

【解决方案3】：

Jeff 和我写信 littler 就是为了做到这一点（以及其他一些事情）。因为littler，我从来没有仔细研究过Rscript——但这原则上应该可以正常工作。

这是我们早期的示例之一，使用来自/bin/ls 的输出（以及awk 的快速过滤器）来总结文件大小：

edd@max:~/svn/littler/examples$ ls -l /boot/ | \
                                    awk '!/^total/ {print $5}' | ./fsizes.r 
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
      24   130300   730700  3336000  4527000 14670000 

  The decimal point is 6 digit(s) to the right of the |

   0 | 0000000000000011111111122777777777
   2 | 777777777
   4 | 555577777
   6 | 
   8 | 
  10 | 
  12 | 5
  14 | 24466677

edd@max:~/svn/littler/examples$

这里的脚本fsizes.r只有三行：

edd@max:~/svn/littler/examples$ cat fsizes.r 
#!/usr/bin/r -i

fsizes <- as.integer(readLines())
print(summary(fsizes))
stem(fsizes)
edd@max:~/svn/littler/examples$

【讨论】：

readLines() 将所有行读入内存，这是我试图避免的。我希望逐行阅读，n=1 in readLines()
所以在管道中放置一个 awk/sed/grep/... 过滤器，或者转储到文件并选择。 R 确实希望读取其所有输入。