有没有办法抑制 R 中 tbl_regression 函数中的 p 值？答案

【问题标题】：Is there a way to supress p-values in tbl_regression function in R?有没有办法抑制 R 中 tbl_regression 函数中的 p 值？
【发布时间】：2021-07-03 04:24:10
【问题描述】：

为了测试疾病组（categorical_variable）和疾病（结果；计数）之间是否存在关联，我正在运行 3 个负二项式回归模型。

为了显示 OR 和 CI，我使用包 gtsummary 中的 tbl_regression 函数。但是，此函数显示用逗号划定的 CI，我希望它们在括号之间，并显示 p 值，我想一起抑制。

我的代码：

library(gtsummary)

model <- glm(data=data, formula=outcome ~ categorical_variable)

tbl_regression(model,
    exponentiate = TRUE, 
    include="categorical_variable")

对格式化 CI 和抑制 p 值列有任何帮助吗？

我尝试添加%>% as_gt() %>% cols_hide("p-value") 和%>% as_gt() %>% cols_hide(columns=vars("p-value"))，但无济于事。它说它不将 p 值识别为列（没有括号也不起作用）。

【问题讨论】：

能否请您提供此功能来自哪个软件包？否则，如果是data.frame，只删除列？
已编辑帖子！

标签： r regression

【解决方案1】：

正如 Elin 提到的单表案例：

tbl_regression(model,
  exponentiate = TRUE, 
  include="categorical_variable") %>%
  modify_column_hide(columns = p.value)

对于有两个（或更多）回归模型的情况：

tbl_merge(
    tbls = list(tbl_regression(model1),
                tbl_regression(model2))
    )  %>% 
    modify_column_hide(columns = c(p.value_1, p.value_2)

【讨论】：

【解决方案2】：

如果res 是上述问题中的对象，它是gtsummary 对象，则可以修改查看器窗格中显示的表格主体，如下所示。这里，我使用dplyr的select函数（modify_table_body需要一个函数）来排除p值列。

gtsummary::modify_table_body(res, dplyr::select, -p.value)

我只想使用base：

p_val_col<-which(names(res$table_body)=="p.value")

gtsummary::modify_table_body(res, `[`, -p_val_col)

要同时修改ci 的显示（您可能可以编写比这更简单的正则表达式），运行如下（同时）。有人可能会编写一个函数来一次执行此操作，而不是调用两次modify_table_body：

gtsummary::modify_table_body(res, `[`, -23) %>% 
  gtsummary::modify_table_body(., dplyr::mutate, 
                               ci=gsub("(\\d\\.\\d{,4})(, )(\\d\\.\\d{,4})"
                                                         ,"\\[\\1 \\3\\]",ci))

【讨论】：

还有modify_column_hide()不会改变对象。
@tcvdb1992 请检查编辑。此 RegEx 假定我们将始终拥有 0.00 形式的数字，即 0+点+最多四位数字。
谢谢！我还通过添加 ` modify_column_hide(column=p.value)` 解决了第一个 p 值问题
现在显示的 CI 之间没有“-”。您的代码是否也允许出现这种情况？
抱歉，响应缓慢。如果您仍然需要这个，您可以将\\[\\1 \\3\\] 更改为"\\[\\1-\\3\\]"，这将使它们的形式为[0.0001-0.0001]（只是随机数）。 @tcvdb1992