knitr 的子图或子标题？

Question

是否可以使用 knitr 生成子图（带有关联的子标题）？这是一个最小的工作示例：

\documentclass{article}

\begin{document}

<<echo = FALSE, fig.cap = c("Some numbers.", "Some more numbers."), out.width = "0.5\\textwidth", fig.align = "center">>=

plot(1:10)
plot(30:100)

@

\end{document}

这会产生两个标记为图 1 和图 2 的图，并带有定义的标题（分别）。但我希望它们被标记为“图 1a”和“图 1b”，就像您可以使用 subcaption LaTeX 包一样。

我知道有一个 knitr 选项“fig.env”，但这并不能解决它（至少不使用，例如，“fig.env = 'subfigure'”）。这里有一篇关于 Sweave 的类似帖子，但解决方案是不优雅的 hack：http://texblog.org/2011/12/01/sweave-subfig-controlling-figure-size-and-placement/

Answer 1

knitr (>= v1.5) 支持subfigures。您可以使用块选项fig.subcap。这是一个最小的例子。

\documentclass{article}
\usepackage{subfig}
\begin{document}

<<fig-sub, fig.cap='two plots', fig.subcap=c('one plot', 'the other one'), out.width='.49\\linewidth'>>=
plot(1:10)
plot(rnorm(10), pch=19)
@

\end{document}

Answer 2

更新一辉的答案，以反映过去几年Rmarkdown的变化，以及从Rnw文件的转变。

正如 knitr chunk options 中列出的那样，子图需要在块头中设置一些额外的设置：

• fig.subcap 是子图的标题列表
• fig.ncol: 子图的列数
• out.width：图形的输出宽度。您通常会设置此 100% 除以子列数。

子图还需要 LaTeX 包 subfig。因此，\usepackage{subfig} 行必须包含在 YAML 中，或者如果您使用的是外部 tex 模板，则可以将其添加到该文件中。

这是一个基本模板：

---
output: pdf_document
header-includes:
   - \usepackage{subfig}
---  

```{r fig-sub, fig.cap='two plots', fig.subcap=c('one plot', 'the other one'), out.width='.49\\linewidth', fig.asp=1, fig.ncol = 2}
plot(1:10)
plot(rnorm(10), pch=19)
```

与 ggplot2 一起使用

如果您正在绘制包含多个 ggplot 图的子图，可能会很混乱，因为它们不会在图之间排列。您可能想在这里查看这篇文章，了解如何使用 cowplot 强制 ggplots 具有相同的尺寸。

This stackoverflow post 将帮助您确保所有地块都对齐，如下图所示：

为子图提供列表

只是分享这个作为子图的可能扩展。我喜欢用它们做的事情是给他们提供一个数字列表。也许您已经生成了一个需要在四个不同的试验组或四个不同的位置运行的函数。例如，以下是英国四个城市的列表：

```{r}
locations <- c("Southampton, UK", "London, UK", "Bristol, UK", "Birmingham, 
```

然后可以在fig.sub 和lapply 中使用此列表来生成子图列表。如果你需要运行

```{r fig-sub-2, fig.cap='A collection of maps', fig.subcap= locations, out.width='.49\\linewidth', fig.asp=1, fig.ncol = 2}
library(ggmap)
lapply(locations, function(x) 
  ggmap(get_map(x))
  )
```

这使得子图非常健壮。如果我需要在额外的几个城市中运行我的模型，我需要做的就是在location 列表中添加额外的值，并且子图的长度将相同。

Answer 3

你可以使用 Latex 的subcaption 包。

\documentclass{article}
\usepackage{subcaption}

\begin{document}

\begin{figure}
\centering
\begin{subfigure}[b]{0.3\textwidth}
\centering
<<echo = FALSE, out.width = "0.5\\textwidth", fig.align = "center">>=
  plot(1:10)
@
\caption{text for first figure}
\label{fig:gull}
\end{subfigure}%

\begin{subfigure}[b]{0.3\textwidth}
\centering
<<echo = FALSE, out.width = "0.5\\textwidth", fig.align = "center">>=
  plot(30:100)
@
\caption{text for second figure}
\label{fig:tiger}
\end{subfigure}
\caption{Figure caption}
\end{figure}

\end{document}