R: str() 给出不寻常的回报，使用 igraph答案

【问题标题】：R: str() gives unusual return, using igraphR: str() 给出不寻常的回报，使用 igraph
【发布时间】：2018-02-18 14:31:06
【问题描述】：

我正在使用 igraph 运行 R 3.3.3，当我通过它传递一个图表时，我一直看到 str() 的奇怪返回：

> g<-graph.formula(1-2,2-3,3-1)
> str(g)
List of 10
 $ :List of 1
  ..$ 1:Class 'igraph.vs'  atomic [1:2] 2 3
  .. .. ..- attr(*, "env")=<weakref> 
  .. .. ..- attr(*, "graph")= chr "9ed96421-95d9-11e7-8000-010000000000"
 $ :List of 1
  ..$ 2:Class 'igraph.vs'  atomic [1:2] 1 3
  .. .. ..- attr(*, "env")=<weakref> 
  .. .. ..- attr(*, "graph")= chr "9ed96421-95d9-11e7-8000-010000000000"
 $ :List of 1
  ..$ 3:Class 'igraph.vs'  atomic [1:2] 1 2
  .. .. ..- attr(*, "env")=<weakref> 
  .. .. ..- attr(*, "graph")= chr "9ed96421-95d9-11e7-8000-010000000000"
 $ :Error in adjacent_vertices(x, i, mode = if (directed) "out" else "all") : 
  At iterators.c:759 : Cannot create iterator, invalid vertex id, Invalid vertex id

我正在使用网络数据的统计分析 (Kolaczyk)，他们似乎从 str() 获得了不同的回报：

> g <- graph.formula(1-2, 1-3, 2-3, 2-4, 3-5, 4-5, 4-6,4-7, 5-6, 6-7)
> str(g)
IGRAPH UN-- 7 10 -- 
+ attr: name (v/c)
+ edges (vertex names):
1 -- 2, 3
2 -- 1, 3, 4
3 -- 1, 2, 5
4 -- 2, 5, 6, 7
5 -- 3, 4, 6
6 -- 4, 5, 7
7 -- 4, 6

以上代码sn-p取自：https://github.com/kolaczyk/sand/blob/master/sand/inst/code/chapter2.R。我想知道为什么我的返回格式不一样，如果有什么我可以做的让我的输出看起来像第二个。我已经尝试了几个版本的 R（3.4.1、3.3.2、3.3.3），但仍然看到相同的东西。我的猜测是这来自 igraph 而不是 R，但我不确定 - 任何帮助都会非常感激。谢谢。

【问题讨论】：

我可以在 igraph v1.1.2 上重现这个，但之前安装的版本有其他结果。
啊，看着?str.igraph，它说“从igraph 1.1.1开始，str.igraph函数已失效，请使用print_all()。”所以使用print_all(g)

标签： r string igraph

【解决方案1】：

正如 user20650 所指出的，错误是由于用户正在调用已失效的函数。

替换你的代码

str(g)

与

print_all(g)

这适用于 Springer 的较早的培训材料，无论是 Luke 的还是 Kolaczyk 的。

【讨论】：