无法将系统发育树保存为带颜色的pdf

Question

我正在尝试使用离散数据保存带有彩色分支的系统发育树，每次我执行 pdf() 函数然后尝试打开它时都会收到 pdf 错误。 这是我正在使用的代码

tree = read.nexus("phylo.1966")
tree3<-read.csv("BBS1966.2015.pgls.csv",row.names = 1)
tree3<-setNames(tree3[,1],rownames(Nesting))
cols<-setNames(palette()[1:6],levels(Nesting))
Nesttree<-make.simmap(drop.tip(tree2, setdiff(tree2$tip.label,names(Nesting))),Nesting, model = "SYM"
plotTree(Nesttree,cols,type="fan",fsize=0.8,lwd=3,ftype="i")
add.simmap.ledgend(colors=cols,x=0.9*par()$usr[1],y=0.9*par()$usr[4],prompt=FALSE,fsize=0.9)
pdf("Nesting1.pdf", width = 100, height = 100)
dev.off()

但是，如果我将 pdf 函数放在 plotTree 函数之前，它将打开，但不会向树添加颜色。 tree2 来自之前使用的代码，该代码仅采用了我的原始树并添加了亚种以制作一棵新树。

此外，如果我尝试手动将绘图保存为 jpeg，树的大小将保持不变，但绘图区域会更改为我选择的大小，因此它看起来很小而且非常拥挤。

感谢您的帮助。 This is the image I produce after using the corrected code

Answer 1

正如我所评论的，如果图像拥挤，您可以手动调整图像的宽度和高度。您可以使用任何设备代替jpeg（例如PDF）来获取pdf，但是您不需要设置高度或宽度。

jpeg("filename.jpeg", height = 1080, width =1080)
plotTree(Nesttree,cols,type="fan",fsize=0.8,lwd=3,ftype="i")
add.simmap.legend(colors=cols,x=0.9*par()$usr[1],y=0.9*par()$usr[4],prompt=FALSE,fsize=0.9)
dev.off()