系统发育树着色答案

【问题标题】：Phylogenetic Tree Coloring系统发育树着色
【发布时间】：2014-10-15 18:11:13
【问题描述】：

我已经创建了一堆关于我拥有的酶序列的系统发育树。我有一个简单的格式，只显示分数，没有着色。现在我拥有的序列是限制性内切酶，它们每个都有一个motif。我想为具有相似motifs 的酶分支着色。我昨天大部分时间都在研究可以帮助我做到这一点的不同软件，但最终感到困惑。 我想知道一个好的工具，它可以采用newick 格式的树，也可以采用alignment 信息。并且可以让我根据相似的图案来赋予颜色。

我遇到了这个工具：http://etetoolkit.org/，但它需要大量依赖库，而这些依赖库又具有依赖关系，很少或没有安装错误的文档。

我使用BioPython 库中的Phylo 类来开发树。我使用以下命令生成带有分数的树：

Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)

【问题讨论】：

用那些具有所需图案的节点制作另一棵树，并使用带有某些节点颜色的 draw_graphwiz 绘制它们，然后在没有节点颜色的情况下绘制整个树
您能详细说明一下吗？
查看此帖子stackoverflow.com/questions/4051414/…。保持不感兴趣节点的节点大小为 0，感兴趣的节点保持一些值。

标签： python biopython phylogeny

【解决方案1】：

FigTree (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) 是一个系统发育树查看器，允许自定义颜色。

我不清楚您是如何知道哪种酶具有哪种基序。如果没有内置该信息，您可能需要在构建树之前注释每个序列，以便您可以在 FigTree 中搜索并按标签着色。

（请注意，如果您只想显示酶名称，没有主题，您仍然可以采用这种方法，然后手动编辑 .nwk 文件，保留颜色信息但去掉注释。）

【讨论】：

感谢您的回答。但是我使用了 ETE 工具包 (etetoolkit.org)。它是一个很棒的通过 python 进行系统发育分析的库

【解决方案2】：

在 BioPython 中，为树枝着色的一种简单方法是设置 clade 属性 color。例如，如果我想将名称在列表L 中的所有叶子都涂成红色，我可以写类似

for clade in tree.get_terminals():
    if clade.name in L:
        clade.color = 'red'

然后使用Phylo.draw绘制这棵树

【讨论】：