`bookdown`/`rmarkdown`/`knitr`：`YAML` 标头中的子文档和路径定义答案

【问题标题】：`bookdown`/`rmarkdown`/`knitr`: Child documents and path definition in `YAML` headers`bookdown`/`rmarkdown`/`knitr`：`YAML` 标头中的子文档和路径定义
【发布时间】：2018-05-19 04:01:05
【问题描述】：

我正在构建一个广泛使用子文档的报告基础结构（通过{r, child = 'somedir/child_doc.Rmd'}），并通过主文档的YAML 标题中的params 字典进行参数化。一个例子可能是：

---
title: Project Report
subtitle: POIGNANT DESCRIPTION OF THE WORK AT HAND
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output:
  bookdown::pdf_document2:
    template: ~
    toc: yes
    toc_depth: 2
colorlinks: yes
fontsize: 11pt
documentclass: scrartcl
geometry: margin=1in, a4paper
params:
  submodule:
    value:
      intro:
        data_dir: 'data'
---

使用这种结构，访问data_dir 会出现问题，因为主文档和子文档的工作目录不同，因此相对路径定义也不同。出路是：

在定义data_dir 时使用绝对/扩展路径名。 快速变长/笨拙。
params 对象的后处理以扩展主文档中的路径。由于params 在从R 块中访问时是不可变的，因此只能以不优雅 的方式解决：
```
```{r params-processing, include = FALSE}
local_params <- params
local_params$submodule$intro$data_dir <- path.expand(local_params$submodule$intro$data_dir)
```
随后是内部使用 local_params 而不是 params。
在YAML 标头中定义参数时，使用类似!R path.expand('data') 的方式就地扩展路径。虽然这（或基于 ` 的等效项）适用于示例中的 data 字段，但 knitring 在路径情况下 fails 因为 R 表达式是 not em> 扩展但用作字符表示 - 文字 "path.expand('data')" 显然不作为路径存在。

我很感激任何关于如何巧妙地解决这个问题的提示 - 特别是 3. 是否可以工作......

【问题讨论】：

标签： r yaml knitr r-markdown bookdown

【解决方案1】：

source code of r-yaml（由bookdown::render_book 隐式调用）表明您可以通过使用expr 标签解析相对路径相当容易地解决选项3：

params:
  submodule:
    value:
      intro:
        data_dir: !expr normalizePath('data')

这会评估 YAML 中的 R 表达式，不需要任何进一步的处理。

data_dir: !r normalizePath('data') 也是可接受的语法，由knitr 处理。不幸的是，您尝试的两个 !R 或 `r 都没有被解释。

我还建议改用normalizePath，因为它返回给定任何相对目录的绝对路径。您使用path.expand 的示例仅执行波浪号扩展，因此对'data' 等本地相对路径没有影响。 normalizePath实际上调用path.expand作为第一步。

照常访问完全展开的路径

```{r params-processing}
print(params$submodule$intro$data_dir)
```
## $value
## [1] "/Users/user_name/full_path_to_book/my_book/data"
##
## $expr
## [1] "normalizePath('data')"
##
## attr(,"class")
## [1] "knit_param_expr"

注意，最好使用!r，因为r-yaml 的行为可能会改变，因为它当前会引发警告：

Warning message:
In yaml.load(readLines(con), error.label = error.label, ...) :
  R expressions in yaml.load will not be auto-evaluated by default in the near future

【讨论】：