如何在R中的互相关函数上使用apply答案

【问题标题】：how to use apply on cross correlation function in R如何在R中的互相关函数上使用apply
【发布时间】：2019-07-26 09:47:15
【问题描述】：

我正在尝试跨大型数据框的列对运行多个互相关函数。我已经编写了一个 for 循环来完成这项工作，但是计算时间很慢。

例如我想在 s1 和 s2 上运行 CCF 功能，然后在 s3 和 s4 上运行。真实数据有 >100 列和 >50,000 行，每对列都有唯一的行数。还运行蒙特卡罗模拟并绘制最大 CCF/滞后，但为简洁起见，我没有在此处包含该代码。我确实运行了一个分析器并且 CCF 似乎花费了最多的时间来运行，我希望应用函数可以帮助解决这个问题？

blahthresholdtest <- data.frame("S1"=1:8, "S2" = (8:1), "S3"= 1:8, "S4"= 9:2)

我写的for循环：

     k=1
  for(i in seq(1,ncol(blahthresholdtest),2)){
    ccftime <- ccf(blahthresholdtest[,i],blahthresholdtest[,i+1], type="correlation", na.action=na.omit)
    #adds one to k each loop to shift columns for analysis over
    k <- k + 1
  }

【问题讨论】：

标签： r for-loop optimization apply cross-correlation

【解决方案1】：

我首先将ccf 的plot 参数设置为FALSE。然后我会检查ccf 的代码（这是纯R 代码），看看是否可以编写更简单的版本。如果这没有帮助，您可以检查是否可以并行运行循环；例如，请参阅 R 附带的包 parallel 的帮助。

vignette("parallel")

【讨论】：