通过匹配 ID 号创建 iGraph 对象答案

【问题标题】：Creating iGraph object by matching ID numbers通过匹配 ID 号创建 iGraph 对象
【发布时间】：2021-11-07 04:58:08
【问题描述】：

我正在寻求解决与为我的硕士论文创建 igraph 对象相关的问题。我需要对通过项目 ID 匹配参与者的数据库进行网络分析 - 总共约有 1500 行，由大约 600 个左右不同的参与者和大约 300 个左右的项目组成。多个参与者参与多个不同的项目。代码示例如下

   Participant_ID Project_Number
1               1         101314
2               2         101314
3               3         101314
4               1         101314
5               5         101346
6               6         101346
7               7         101346
8               8         101531
9               9         101531
10              3         101531
11             11         101533
12              8         101533
13              3         101533
14             14         101533
15              9         101612

如何以创建网络的方式匹配这些？我如何将这些编码到边缘列表中 - 无论是通过矩阵还是其他方式，因为每个项目都有很多观察结果和不同数量的参与者。我发现很难在网上找到很多展示如何通过 ID 号创建边缘列表的内容，我需要克服我想象中相当普通的几行代码。

【问题讨论】：

**** 我注意到其中有一个重复项 - 我已将参与者 ID 匿名化，因为它们实际上是人名，但实际数据集中没有重复项，只是为了清理

标签： r matrix networking igraph edges

【解决方案1】：

像这样？ Project_Number 必须转换为一个因子，以防止创建具有 100k+ 个节点的图：

library(tidyverse)
library(tidygraph)
#> 
#> Attaching package: 'tidygraph'
#> The following object is masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter

graph <-
  tribble(
    ~Participant_ID, ~Project_Number,
    1, 101314,
    2, 101314,
    3, 101314,
    1, 101314
  ) %>%
  mutate(Project_Number = Project_Number %>% factor()) %>%
  tbl_graph(edges = .)
graph
#> # A tbl_graph: 4 nodes and 4 edges
#> #
#> # A directed acyclic multigraph with 1 component
#> #
#> # Node Data: 4 × 1 (active)
#>   name  
#>   <chr> 
#> 1 1     
#> 2 101314
#> 3 2     
#> 4 3     
#> #
#> # Edge Data: 4 × 2
#>    from    to
#>   <int> <int>
#> 1     1     2
#> 2     3     2
#> 3     4     2
#> # … with 1 more row

graph %>% as.igraph() %>% plot()

^{由reprex package 创建于 2021-09-10 (v2.0.1)}

【讨论】：

【解决方案2】：

也许二分图会有所帮助

graph_from_data_frame(df) %>%
  set_vertex_attr(name = "type", value = names(V(.)) %in% df$Participant_ID) %>%
  plot(layout = layout_as_bipartite)

如果想要矩阵输出，可以试试

> table(df)
              Project_Number
Participant_ID 101314 101346 101531 101533 101612
            1       2      0      0      0      0
            2       1      0      0      0      0
            3       1      0      1      1      0
            5       0      1      0      0      0
            6       0      1      0      0      0
            7       0      1      0      0      0
            8       0      0      1      1      0
            9       0      0      1      0      1
            11      0      0      0      1      0
            14      0      0      0      1      0

【讨论】：