如何结合系统发育树和热图？

Question

我需要结合系统发育树和热图，所以我一直在尝试通过在 R 中使用 ggtree 和 phytools 包来做同样的事情。但是，我没有成功。 我的数据集如下，

((org1:0.03398193,org2:0.07721021)0.7400:0.00589058,org3:0.09199544,org4:0.09205519);

data.csv
x       x1  x2  x3  x4  x5
org1    50  20  40  70  50
org2    10  15  60  78  20  
org3    40  50  40  70  20
org4    80  50  40  20  30

以下教程采用的代码， http://www.randigriffin.com/2017/05/11/primate-phylogeny-ggtree.html 代码如下，

tree = read.tree(text = "org1:0.03398193,org2:0.07721021)0.7400:0.00589058,org3:0.09199544,org4:0.09205519);")
d <- data.frame(read.csv("data.csv"))
traits <- data.frame(d, fastBM(tree))
p8 <- ggtree(tree) +  xlim(0, 125) + geom_tiplab(size = 2, offset = 17)
p9 <- gheatmap(p8, traits, offset = 0.2, width = 0.2, low = "white", high = "black", colnames_position = "top", font.size = 2)

当我遵循相同的代码而不做任何更改时，它工作得非常好。但是，当我尝试使用我的数据时，它显示错误。我不知道，如何使用 fastBM 将我的树与数据文件结合起来。我想我应该使用其他功能，而不是 fastBM。请帮我做同样的事情。

Answer 1

我找到了解决方案，你应该把 Randi Griffin 在他的帖子中提出的所有论点都收起来，确实这让你的表述有误。

您将需要这些软件包：

library(ape)
library(dplyr)
library(phytools)

# install from Bioconductor
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")

library(ggtree)


tree <- read.tree(text = "(org1:1, org2:1, (org3:0.15, org4:0.15):0.8500);")
traits <- data.frame(fastBM(tree, nsim=5))

plot(tree)

p8 <- ggtree(tree) +
  geom_tiplab(size=2) 

# add heatmap
p9 <-  gheatmap(p8,
                traits,
                offset=0.2, low="white", high="black", colnames_position = "top", font.size=2)

p9

此建议适用于具有相同分支长度的树。但它也适用于不同的长度。事实上，在他的示例中，他输入了xlim(0, 125)，因为他的边长最多为 40，但在您的示例中，边长更小。因此，最好让 R 函数为您的图表找到最佳限制。

您的以下格式“，”的数据将更容易使用 R 导入：

x,x1,x2,x3,x4,x5
org1,50,20,40,70,50
org2,10,15,60,78,20  
org3,40,50,40,70,20
org4,80,50,40,20,30

此代码用于导入数据：

df <- read_csv("stack.txt")
df <- as.data.frame(df)
rownames(df) <- df$x
df <- df[,-1]

您只需将traits 更改为df，因为您有正确的行和列名称。

p8 <- ggtree(tree) +
  geom_tiplab(size=2) 


# add heatmap
p9 <-  gheatmap(p8,
                df,
                offset=0.2, low="white", high="black", colnames_position = "top", font.size=2)

p9

您可以查看以下地址的 ape 包小插图，了解如何手动构建，就像您想要 R 中的 data.tree 对象一样：

https://cran.r-project.org/web/packages/ape/index.html

它将帮助您完成其余的工作，它还将帮助我们为您提供帮助。

您的问题代码暂时不正确，我们无法知道您想要什么树。