R中的距离矩阵

Question

我必须使用 R 创建一个距离矩阵。我的数据在一个包含 300 行和 10 列的 Excel 文件中。我必须根据第 9 列的值创建距离矩阵。例如

   s s s s s
s  1
s  2 2
s  3 3 4
s  4 4 7 3
s  5 5 8 2 8

如何创建这种类型的矩阵？

Answer 1

我知道的最简单的选择是将包含数据的 Excel 工作表保存为 CSV 文件。确保只有工作表的第一行和第一列包含任何样本或变量名称。

然后使用以下命令读入 R：

dat <- read.csv("path/to/my/file.csv")

然后使用第 9 列的dist() 计算相异矩阵

dij <- dist(dat[, 9])

如果您想要欧几里得距离以外的其他值，请参阅 ?dist 中的选项，如果不适合，请尝试推荐包 cluster 或 vegdist() 中的 daisy() 函数vegan 包或 proxy 包中的函数。

Answer 2

如果您的数字位于名为 z 的向量中，则 dist(z) 返回欧几里得 (sqrt(dx^2+dy^2)) 值的距离矩阵。请参阅help(dist) 了解更多信息。