使用临床参数和基因表达数据将基因表达聚类到 R 中的特定乳腺癌亚型

【问题标题】：Cluster gene expression to specific breast cancer subtypes in R using clinical parameters and gene expression data使用临床参数和基因表达数据将基因表达聚类到 R 中的特定乳腺癌亚型
【发布时间】：2021-02-08 21:28:08
【问题描述】：

我有一组来自 3 种不同亚型的乳腺癌样本及其临床参数的 1500 个基因的基因表达值。我需要根据乳腺癌亚型对基因表达进行聚类，以找到每种乳腺癌亚型的独特基因。我曾尝试过 PCA 和 Kmeans，但无法解释子类型的名称。有什么方法可以做到这一点吗？提前致谢。

【问题讨论】：

标签： cluster-analysis bioinformatics pca genetics

【解决方案1】：

您正在寻找的是差异表达的基因。如果您有这三种亚型的表达数据，您可以使用差异表达分析工具（通常使用 DESeq2 和 EdgeR）来获取样本之间差异表达的基因。分析为您提供了差异表达的程度以及结果的统计置信度。

如果您还有对照样本，您可以从 DEGs 列表中推断特定亚型中特定上调或下调的基因。

这是了解更多关于差异表达分析的理论和应用的有用参考 - Introduction to DGE

【讨论】：