在 MySQL 中存储基因表达数据答案

【问题标题】：Storing gene expression data in MySQL在 MySQL 中存储基因表达数据
【发布时间】：2019-08-22 05:08:10
【问题描述】：

我有 m x n 个基因表达数据矩阵，我想将它们存储在 MySQL 中，以便可以使用 PHP 编程进行搜索。

m 约为 100000 个样本（唯一可识别）
n 是大约 23,300 个基因（唯一可识别的）

我创建了如下三个表

CREATE TABLE genes (
    `gene_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
    `gene_name` varchar(99) not null
) ENGINE=InnoDB;

CREATE TABLE samples (
    `sample_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
    `sample_name` varchar(99) not null
) ENGINE=InnoDB;

CREATE TABLE gene_sample (
    `gene_id` INT NOT NULL,
    `sample_id` INT NOT NULL,
    `Expression_value` INT ,
    FOREIGN KEY(`gene_id`) REFERENCES genes (`gene_id`),
    FOREIGN KEY(`sample_id`) REFERENCES sample (`sample_id`),
) ENGINE=InnoDB;

问题是我如何从 mXn 矩阵中插入第三个表（gene_sample）中的值？

如何在gene_sample 表中存储对应于样本和基因的表达值？

【问题讨论】：

基因和样本组合背后的来源/逻辑是什么？您想存储所有种可能的组合，还是其他？
单个样本有23k个基因。这些组合需要存储，以便可以查询基因和样本。
很遗憾，这并不能真正回答我的问题。
是的，我想存储所有可能的组合。
很好，但是你有一个 SQL 表包含这个矩阵中的值吗？

标签： mysql

【解决方案1】：

假设 genes 和 samples 表已经被填充，并且您想使用所有可能的组合来填充 gene_sample 联结表，您可以尝试使用带有交叉连接的插入：

INSERT INTO gene_sample (gene_id, sample_id)
SELECT g.gene_id, s.sample_id
FROM genes g
CROSS JOIN samples s;

当然，这不会为Expression_value 列分配任何值。但理想情况下，该列甚至不属于联结表。

【讨论】：

非常感谢。那么我可以在哪里存储表达式值？我需要更多桌子吗？
您可以存储这些值，假设它们对于每个基因和样本都是唯一的。这取决于您的数据。请注意，我的回答没有填充表达式值，因为您的问题没有提到它们出现在任何表格中。
但是先生，这是我的问题，我如何存储与样本和基因相对应的表达值？